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标题: 副本交换分子动力学REMD可以用于研究不同温度的分子聚集的模拟吗 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-22 18:46
标题: 副本交换分子动力学REMD可以用于研究不同温度的分子聚集的模拟吗
我想模拟不同温度下多分子聚集行为的差异，但普通模拟速度太慢，想加速模拟过程，所以想要做加速分子动力学模拟。但是因为是多分子聚集，反应坐标不好定义，而副本交换分子动力学REMD不用定义反应坐标。但副本交换分子动力学REMD原理好像是在多个温度下同时运行多个副本，所以我感觉这与我的研究目的（不同温度下多分子聚集行为的差异）冲突了？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-23 11:05
不是什么过程都有可以加速的方法。当前问题只能老老实实跑MD。可以恰当设计模拟体系（溶质和溶剂的比例、初始位置等）试图让现象更快地出现。某些情况可以用粗粒化力场显著节约耗时，但需要考虑描述精度损失的代价。

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-23 22:25

sobereva 发表于 2025-1-23 11:05
不是什么过程都有可以加速的方法。当前问题只能老老实实跑MD。可以恰当设计模拟体系（溶质和溶剂的比例、初 ...

好的，谢谢卢老师

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