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标题: 如何改变模拟温度后续跑 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-23 22:29
标题: 如何改变模拟温度后续跑
gromacs模拟续跑，第一段模拟为从25℃到95℃升温模拟，现在想保持95℃下续跑，同时输出文件接着第一段模拟的文件，请问有没有大佬知道如何操作？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2025-1-24 13:23
如果前一段已经跑完了，用第一次跑的结果文件做起始结构，读取.gro中的速度信息作为初始速度，在95℃热浴下跑，最后用trjcat合并两段轨迹
更简单的做法是在.mdp设置退火，从25℃升到95℃后维持一段时间就行了
https://manual.gromacs.org/curre ... simulated-annealing

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-24 14:36
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲了：
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作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-24 19:23

sobereva 发表于 2025-1-24 14:36
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）讲了：

卢老师，意思是前面的模拟是25℃上升到95℃，直接extend延长步数的话，后面的模拟温度默认是持续95℃？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-25 10:47

Sunca 发表于 2025-1-24 19:23
卢老师，意思是前面的模拟是25℃上升到95℃，直接extend延长步数的话，后面的模拟温度默认是持续95℃？

是

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