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标题: 单点任务出错Error: segmentation violation [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-24 07:50
标题: 单点任务出错Error: segmentation violation
本帖最后由 Sunca 于 2025-1-24 08:03 编辑

Gaussian单点任务时报错界面如下：
g16 com.gjf
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx 000009bc7644275b
rdx 0000000000000000, rsp 00007ffe99d94878, rbp 00007ffe99d94df0
rsi 000000000000000b, rdi 000000000000cd8c, r8  000009bb763ff000
r9  0000000000000401, r10 000009bc76412f60, r11 0000000000000206
r12 00007ffe99d94e38, r13 0000000000000000, r14 0000000000000000
r15 00000000000003e6
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x9bc76442520]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x9bc7644275b]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x4755d9]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x48e5aa]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x4e50bc]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x56f4e2]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x549498]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x500851]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x4599c9]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x454389]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x450beb]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x450af4]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x29d90) [0x9bc76429d90]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x80) [0x9bc76429e40]
  /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe() [0x4509e9]
Aborted
另外上传了gjy和log文件，我用的基组文件ma-TZVPP.txt来自http://sobereva.com/509。希望有大佬回复

加了下面两句后跑起来了，暂时没报错。可能是我原子太多了？然后我520个原子大概要跑多久啊？

%mem=32000MB
%nprocshared=8

作者
Author: Solitude198 时间: 2025-1-24 09:13
来教你

先看这个http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

然后打开你的log文件，Ctrl+F termination ,找到

Out-of-memory error in routine ShPair-CalcS2-2 (IEnd= 373609315 MxCore= 316521421)
Use %mem=615MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /home/sunca/Gauss16/g16/l302.exe at Fri Jan 24 07:38:48 2025.

复制代码

作者
Author: savorw 时间: 2025-1-24 10:18
好奇楼主是什么样的牛逼机器，520原子的体系，用TZVPP这么大的基组，估计没认真学过卢老师的贴子，这么大体系为什么要这么大的基组，为什么要加弥散？

13176 basis functions, 19632 primitive gaussians, 14840 cartesian basis functions
1130 alpha electrons 1130 beta electrons

2260个电子，13176个基函数，Oh my God, 这得用啥服务器可以算出来，8个CPU够吗？

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-24 12:26
本帖最后由 Sunca 于 2025-1-24 12:29 编辑

savorw 发表于 2025-1-24 10:18
好奇楼主是什么样的牛逼机器，520原子的体系，用TZVPP这么大的基组，估计没认真学过卢老师的贴子，这么大体 ...

我刚入门，想做单点任务得到fch文件然后算氢键结合能，参考的http://sobereva.com/522例子中用的基组，我不太懂，您推荐我应该用什么基组？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-24 14:31

Sunca 发表于 2025-1-24 12:26
我刚入门，想做单点任务得到fch文件然后算氢键结合能，参考的http://sobereva.com/522例子中用的基组，我 ...

恰当简化体系，只保留要用522博文里的做法算氢键键能附近的原子

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-24 20:38

sobereva 发表于 2025-1-24 14:31
恰当简化体系，只保留要用522博文里的做法算氢键键能附近的原子

1.卢老师，我想计算两条长链分子总的氢键结合能，两个分子间大概有10个氢键，我需要计算每个氢键的键能然后加和，这个计算量大吗，我没什么概念

。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
2.简化体系是直接删除要计算氢键处以外的其他原子吗，大概像下图一样，保留多少个原子合适？
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-25 10:47

Sunca 发表于 2025-1-24 20:38
1.卢老师，我想计算两条长链分子总的氢键结合能，两个分子间大概有10个氢键，我需要计算每个氢键的键能然 ...

总氢键作用能直接用整体减两个片段能量算就完了，不需要用AIM拓扑分析的方式

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-25 19:08
本帖最后由 Sunca 于 2025-1-25 22:48 编辑

sobereva 发表于 2025-1-25 10:47
总氢键作用能直接用整体减两个片段能量算就完了，不需要用AIM拓扑分析的方式

谢谢卢老师的回复，我还有下面3个问题想要问下您：
1.为什么整体减两个片段能量得到的是氢键相互作用，那非氢键的静电相互作用和范德华作用呢？因为我的目的就是单独计算出氢键作用
2.我的结构是从我做的分子动力学模拟中截取的一帧，计算单点能然后算氢键作用能的话，应该保持这样的结构不变还是需要再做优化？
3.我一共520个原子，用Gaussian，16个cpu核心算单点能用什么方法和基组算合适，比如B3LYP-D3(BJ)+什么基组好呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-26 13:55

Sunca 发表于 2025-1-25 19:08
谢谢卢老师的回复，我还有下面3个问题想要问下您：
1.为什么整体减两个片段能量得到的是氢键相互作用，[ ...

1 当前体系中氢键作用能占分子间总相互作用能的主要成分。如果你非要和范德华作用分得那么清楚，那就需要用Multiwfn做AIM拓扑分析。

2 应当优化

3 这种计算条件、这么大体系，用xtb里的GFN2-xTB或MOPAC里的PM6-D3H4X算相互作用能。DFT太费劲

作者
Author: Sunca 时间: 2025-2-7 20:33

sobereva 发表于 2025-1-26 13:55
1 当前体系中氢键作用能占分子间总相互作用能的主要成分。如果你非要和范德华作用分得那么清楚，那就需要 ...

谢谢卢老师，这么大体系用计算BCP来单独算氢键键能的那个方法用不了是吧。那我这个体系有没有别的目前硬件条件能用的方法计算氢键键能？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-8 18:46

Sunca 发表于 2025-2-7 20:33
谢谢卢老师，这么大体系用计算BCP来单独算氢键键能的那个方法用不了是吧。那我这个体系有没有别的目前硬 ...

氢键位点及周围一圈原子用和我的JCC 2019文章相同的基组，距离氢键位点远的地方用小基组如3-21G，能算得动

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