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标题: Gromacs做固液界面模拟，液体远离固体界面是为什么？ [打印本页]

作者
Author: wangzilong0709 时间: 2025-1-24 17:53
标题: Gromacs做固液界面模拟，液体远离固体界面是为什么？
本帖最后由 wangzilong0709 于 2025-1-24 17:55 编辑

各位老师，我在用Gromacs做钠金属负极和电解液固液界面的模拟时候，在经过一个npt后发现电解液和固体界面有很大的缝隙，请问是什么原因？对金属钠负极我使用的是[ position_restraints ]，refcoord-scaling = com，mdp和top文件如下

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npt前，经过能量最小化后的模型如下，不会有液体远离固体界面的问题：
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-25 11:11
显然不该用各向同性控压。应当用semiisotropic

作者
Author: wangzilong0709 时间: 2025-2-20 15:40

sobereva 发表于 2025-1-25 11:11
显然不该用各向同性控压。应当用semiisotropic

感谢社长回复！
但我使用了semiisotropic还不是行，我的使用pcoupl= C-rescale，分别调整了compressibility的数值，结果如下：
compressibility= 4.5e-5 4.5e-5
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compressibility= 0 4.5e-5
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compressibility= 4.5e-5 0
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compressibility= 1e-6 4.5e-5
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液体和金属界面均有明显分离。下面是我的所有输入文件
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作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-20 16:28

wangzilong0709 发表于 2025-2-20 15:40
感谢社长回复！
但我使用了semiisotropic还不是行，我的使用pcoupl= C-rescale，分别调整了compressibil ...

不排除是力场参数有问题的可能性

也可以测试调调Z方向的可压缩系数、压力看看情况

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