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标题: 怎么得到计算出的氢键的供受体是哪个原子 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2025-1-26 10:05
标题: 怎么得到计算出的氢键的供受体是哪个原子
我用gmx hbond -hbn/-o计算出的ndx文件中是将所有可能的氢键供受体都列出来了，并不与指的-num文件中计算出的氢键对应。但我想知道两个分子间所生成的氢键的供受体具体是哪个原子，应该怎么做？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-26 11:47
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：
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作者
Author: Sunca 时间: 2025-2-7 20:54

sobereva 发表于 2025-1-26 11:47
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

但是这样得到的只是可能存在的氢键供受体，没法统计供受体得数量。我看的文献有得到了氢键供受体得数量（如图），这是怎么得到的？是直接将供受体基团做成索引计算氢键数量吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-8 18:49

Sunca 发表于 2025-2-7 20:54
但是这样得到的只是可能存在的氢键供受体，没法统计供受体得数量。我看的文献有得到了氢键供受体得数量（ ...

语义不明，我贴的ppt里直接给出的就是氢键给体和受体（无论动力学过程中是否实际形成过氢键），行数就对应数目。索引组根据实际情况定义
如果你有特殊要求，自己写VMD tcl脚本统计

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