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标题: 求助：2022版本的Gromacs如何实现只在xy实现周期性，z方向上为非周期性 [打印本页]

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-1-27 14:05
标题: 求助：2022版本的Gromacs如何实现只在xy实现周期性，z方向上为非周期性
想请教一下大佬们，最近在研究CO2对狭缝中的油的影响，想控制CO2和油分子只在xy方向有周期性，在z方向上为非周期性，如何实现呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-27 14:23
最好画个示意图，否则难以准确回答

通常来说，非周期性方向可以考虑留出足够的真空区并用吸引势的wall挡着（如果分子有可能逸出的话）

作者
Author: FrancisCho 时间: 2025-1-28 08:39
参考https://manual.gromacs.org/2022- ... ptions.html#mdp-pbc？

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-1-28 17:03

sobereva 发表于 2025-1-27 14:23
最好画个示意图，否则难以准确回答

通常来说，非周期性方向可以考虑留出足够的真空区并用吸引势的wall挡 ...

谢谢sob老师的回复，示意图如下，留出足够的真空区域的话，是不是影响太大了？

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-1-28 17:05

FrancisCho 发表于 2025-1-28 08:39
参考https://manual.gromacs.org/2022-current/user-guide/mdp-options.html#mdp-pbc？

谢谢，我想问一下，两堵墙只能是虚拟墙吗，还是说可以用一些碳板，金板之类的挡住两边，这样就相当于非周期边界了呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-28 19:42

sssyyuan 发表于 2025-1-28 17:03
谢谢sob老师的回复，示意图如下，留出足够的真空区域的话，是不是影响太大了？

如果你只是想考察CO2和油的接触部分的作用，两边直接用墙挡着就完了，真空区也不用留，这样还能节约耗时

虚拟墙能起到的效果和碳板之类实物原子构成的档板是类似的，你想用实物墙亦可。
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：
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