计算化学公社

标题: 请教cp2k进行AIMD，两次用同样设置但初始结构不同，结果是否会相同？ [打印本页]

作者
Author: Ron3319 时间: 2025-1-27 14:35
标题: 请教cp2k进行AIMD，两次用同样设置但初始结构不同，结果是否会相同？
各位，最近我在思考一个问题，想请教大家。如果我打算使用CP2K进行AIMD计算（例如仿真100个H₂或50个CO₂分子)，在所有CP2K的设置保持一致的情况下，但选用了两个不同的初始结构，这两个结构内的气体分子数目相同，仅初始位置不同。仿真运行例如25 ps后，结果是否会相同？

如果不相同，我如何可以告诉别人我的结果是对的？还有别人日后引用我的文章，因为他们不一定用和我一样的结构(也是相同气体分子数目,但初始位置不一)？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-1-27 14:45
这里的”结果“具体指什么？哪怕初始结构完全一样，动力学轨迹也会有差别。动力学模拟本身是个混沌体系，想要提高模拟结果的可信度可以平行跑多次，或者合理使用增强采样。

作者
Author: Ron3319 时间: 2025-1-27 14:50
具体指化学反应，电荷结构。谢谢解问

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-28 12:16
提问时注意标题要清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “请教cp2k计算结果问题” 改了

不要用“仿真”这个词，计算化学领域那叫“模拟”，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的相关幻灯片：

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

以及
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

作者
Author: 小冷~715 时间: 2025-1-30 12:49
看描述是做二氧化碳加氢制多碳醇或者羧酸吗？1：2的碳氢比？
我也正在做类似体系，交流一下我的拙见。先回答你的问题，不清楚楼主指的是哪种程度的初始位置不同，作用的位点还是分子的分布？大概率会导致体系结果不同，局部稳定点有很多，有时体系“掉下去”就不好出来了，最终的结果就不一样。
这种体系实际的中间体种类和角色偏多（五大种类，四大角色），我一般模拟都放工作的最后再去做，因为之前遇到被审稿人猛攻过一次。我现在的做法是，先测试动力学获得大概的反应网络，对比之前文献(如果催化剂走了不同寻常的路径，实验动力学会有很明显的特征)。然后根据原位光谱、能谱和质谱的结果去列举出中间可能的路径，最后再用增强采样去得到大概的势能面。25ps其实不太够采样，一般都是50-80ps，现在这个方向深度学习+plumed的很多。
除非你的体系是那种“烃池”路径，不然50个CO2这种没什么意义，研究所需数量的变化就行了，凝练必要的物理化学过程很重要。CP2K可以自定义反应物的原子，我一般都是外挂xyz然后根据CV进行重命名，跑一些简单增强采样比vasp轻松很多。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)