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标题: 在ORCA中进行结构优化卡住(已解决) [打印本页]

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Author: lucky1999 时间: 2025-2-1 17:51
标题: 在ORCA中进行结构优化卡住(已解决)
本帖最后由 lucky1999 于 2025-2-2 12:03 编辑

各位老师，我在超算上在ORCA中采用B97-3c对含有87个原子的有机体系进行结构优化(该结构是通过Molclus经构象搜索获得的)，但是ORCA总是在out文件更新完某处后就不再更新了，并且文件夹下还存有计算中途产生的4个tmp文件，请问问题出在哪儿？ORCA的输入文件、out文件、提交ORCA计算任务的脚本以及超算上产生的与slurm相关的文件均在附件中，谢谢各位老师啦！
注：同样的ORCA输入文件在虚拟机中能顺利计算下去，但是在超算上提交就卡住(out文件长达2个小时没有变化，目录下的tmp文件也没有变化)。超算上能够正常计算其他的较小体系的任务。尝试过增加%maxcore的值，不起作用。

最终的解决办法：在ORCA提交任务的脚本中加上OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=true 来开启ib网络传输端口，并且减少并行核数来增加maxcore可分配量

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Author: rabbitkiller 时间: 2025-2-1 20:48
从.out文件来看整个计算还没开始……

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Author: lucky1999 时间: 2025-2-1 20:56

rabbitkiller 发表于 2025-2-1 20:48
从.out文件来看整个计算还没开始……

我试了好多次，提交任务后out文件一直就停在这。等了2个多小时后，out文件还是这样。

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Author: dnlx 时间: 2025-2-1 21:11
超算的最后一条信息很可疑：“[e0303.para.bscc:206232] 1 more process has sent help message help-mpi-btl-tcp.txt / client connect fail”

另外就计算本身，推荐改用ORCA6.0.1而不是5.0.3；优化时候的溶剂模型应该改用CPCM(water)而不是SMD，因为后者不支持解析频率。

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Author: lucky1999 时间: 2025-2-1 21:15

dnlx 发表于 2025-2-1 21:11
超算的最后一条信息很可疑：“[e0303.para.bscc:206232] 1 more process has sent help message help-mpi-b ...

谢谢您的解答。按照您这样说是不是超算本身可能有啥问题？

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Author: dnlx 时间: 2025-2-1 21:25

lucky1999 发表于 2025-2-1 21:15
谢谢您的解答。按照您这样说是不是超算本身可能有啥问题？

原因不在ORCA输入文件，可能在于你提供的超算文件（不知道你的系统是不是需要用Sbatch命令之类的批处理文件），也可能是其它问题，我没遇到过这种情况，不懂。

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Author: lucky1999 时间: 2025-2-1 21:38

dnlx 发表于 2025-2-1 21:25
原因不在ORCA输入文件，可能在于你提供的超算文件（不知道你的系统是不是需要用Sbatch命令之类的批处理文 ...

好的，谢谢您啦！

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