计算化学公社
标题: wham计算PMF过程中出现了inf [打印本页]
作者Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-2-4 13:12
标题: wham计算PMF过程中出现了inf
各位大佬好，我在利用wham计算PMF结果中出现了inf。以下图是我施加K=100kcal后拉伸的离子的概率密度，范围是45.2-48.0埃（膜处于48埃，我模拟的是离子从体溶液中45埃拉伸到膜孔的PMF），间距为0.2埃，一共15个窗口，一个窗口运行2ns。从图中看到，各处的概率密度都有较好的重叠，这代表采样已经充分。然后我将lammps输出的文件放入wham分析，分析结果出现inf，据我所知，出现inf的原因是因为该处没有采样导致lg0=inf，可是从概率密度图中可以看到实际上每个位置都是采样了的，请问是什么原因造成的inf呢？
https://lammpstutorials.github.io/sphinx/build/html/tutorials/level3/free-energy-calculation.html。这个是我的代码参考网站
wham命令：./wham 45.2 48 15 1e-10 300 0 metadata.dat PMF.dat
作者Author: sobereva 时间: 2025-2-4 13:55
Lammps的问题别乱发到量子化学版块。这次给你移动了，下次删帖扣分处理
作者Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-2-4 14:28
谢谢社长，麻烦社长操心了，我以后一定注意
作者Author: thor 时间: 2025-2-4 15:51
后面增加几个窗口试试
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