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标题: 计算带正电的有机物与带负电的过渡金属配合物之间的吸附能，我的操作步骤是否合理 [打印本页]

作者
Author: xuzhiyuan 时间: 2025-2-9 09:45
标题: 计算带正电的有机物与带负电的过渡金属配合物之间的吸附能，我的操作步骤是否合理
本帖最后由 xuzhiyuan 于 2025-2-9 09:48 编辑

一、体系介绍：
带正电的有机物：含有C、H、N的阳离子型有机物，总原子数90
过渡金属配合物：第四周期、第五周期过渡金属与草酸根离子[（C204）2-]的配合物，两种配合物均带负电，各种配合物均只含一个过渡金属
利用Gaussian计算

二、拟操作步骤
1、结构优化与频率计算：
对阳离子型有机物：使用B3LYP(D3),基组是6-311G（d），scrf=(smd,solvent=water)，结构已经收敛，频率有一个NO，但是超过收敛限不足2倍，且无虚频，打算使用该优化结构。
对过渡金属配合物：使用PBE0（D3BJ）,基组def2TZVP，scrf=(smd,solvent=water)，结构已经收敛。
对阴阳离子吸附在一起做结构优化（未做）：拟采用PBE0（D3BJ）,基组def2TZVP，scrf=(smd,solvent=water)进行结构优化
2、单点能计算：
分别计算优化后阳离子型有机物（A)，带负电的过渡金属配合物(B)，吸附在一起后结构（AB）的单点能；吸附能E=E(AB)-E(A)-E(B)
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三、提问
1、请问结构优化时选用的泛函和基组是否合适
2、请问三种结构（A)、（B）、（AB）在计算单点能时，是否要选用相同的泛函和基组
3、请问各位老师有没有其他建议或者意见。十分感谢您阅读至此。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-9 10:29
1. 这个基组比较贵，你的计算资源是否足够？
2. 当然要用同样的方法和基组。如果1对你不成问题，那可以考虑用更好的方法和基组算单点能。

作者
Author: xuzhiyuan 时间: 2025-2-9 11:17

tonganlhy 发表于 2025-2-9 10:29
1. 这个基组比较贵，你的计算资源是否足够？
2. 当然要用同样的方法和基组。如果1对你不成问题，那可以考 ...

感谢您的回答，我仍有以下疑问（纯新手，请多包涵）

1、请问，我在对带负电过渡金属配合物结构优化时，用的def2TZVP 没有弥散。是否合适。
2、后边计算三种物质的单点能，选择方法的时候，是不是要选适合弱相互作用、还要适合过渡金属的泛函。
3、计算三种结构单点能统一这样选择可以吗：方法：PBE0-D3(BJ)或者wB97M-V，基组选择def2TZVPP（加上弥散函数）阳离子也要加上吗？
再次感谢

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-9 19:29
1.可以加。去看一下版主月份基组的文章，至少可以用ma-def2-tzvp
2.是。
3.可以考虑双杂化泛函，比如PWPB95-D3(BJ)，revDSD-PBEP86-D3(BJ)，过渡金属负电荷比较明显的话要加上弥散函数。计算单点必须统一才有意义。

作者
Author: xuzhiyuan 时间: 2025-2-10 09:10

tonganlhy 发表于 2025-2-9 19:29
1.可以加。去看一下版主月份基组的文章，至少可以用ma-def2-tzvp
2.是。
3.可以考虑双杂化泛函，比如PWPB ...

十分感谢，因为我结构优化做完一半了（没有加弥散），可不可以所有结构优化都不加弥散，然后最后算单点能的时候再加上呢

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-10 09:37
你这个如果主要是弱相互作用，最好还是加上弥散再优化。阳离子没关系，阴离子最好加上。
复合物最好要加。

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-10 09:41
可以参考这篇http://sobereva.com/119

作者
Author: xuzhiyuan 时间: 2025-2-10 15:34

tonganlhy 发表于 2025-2-10 09:41
可以参考这篇http://sobereva.com/119

感谢各位老师的解答，根据各位老师的建议：更改如下
1、结构优化
对阳离子型有机物：使用B3LYP(D3),基组是6-311G（d），scrf=(smd,solvent=water)
阴离子过渡金属配合物：使用PBE0（D3BJ）,基组ma-def2-TZVP，scrf=(smd,solvent=water)，加弥散了
阴阳离子吸附的复合物：使用PBE0（D3BJ）,基组ma-def2-TZVP，scrf=(smd,solvent=water)，加弥散了
2、单点能计算
统一选用wB97M-V(D3BJ),基组ma-def2-TZVPP，scrf=(smd,solvent=water)

请问各位老师这样修改之后是否合适了

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-10 23:38
这个应该可以了

作者
Author: xuzhiyuan 时间: 2025-2-11 09:25

tonganlhy 发表于 2025-2-10 23:38
这个应该可以了

感谢老师

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