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标题: 基于Amber的MCPB.py生成含铁离子金属蛋白的力场参数时，在创建Gaussian输入文件时报错 [打印本页]

作者
Author: 停云云 时间: 2025-2-10 11:14
标题: 基于Amber的MCPB.py生成含铁离子金属蛋白的力场参数时，在创建Gaussian输入文件时报错
各位前辈好！
我最近尝试在Gromacs上跑含铁离子金属蛋白的分子动力学，多方查询资料后选择基于Amber的MCPB.py生成其参数，参考帖子链接为http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html。前期还算正常，在执行“使用antechamber对pdb文件重新标号时：pdb4amber -i 1mlw_H.pdb -o 1mlw_fixed_H.pdb”出现过“IndexError: list index out of range”这样的错误，多方尝试后我把pdb文件首行空下来也解决了该问题。但我执行帖子里面第三步骤：“生成pdb、Gaussian和建模文件”时，按照贴子里面所述生成protein.in文件，在执行“MCPB.py -i 1mlw.in -s 1”时会报错，报错内容如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 44)
我去检查了304号氨基酸，确实存在CD这个原子，但令人费解的是在前面291位也出现了GLN这个氨基酸，程序却没有报错，氨基酸截图信息如下：
报错地方：
(, 下载次数 Times of downloads: 48)
291号氨基酸：
(, 下载次数 Times of downloads: 47)
实在找不到错误来源，我将帖子中1mlw这个蛋白复现一遍，仍然在相同地方报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 46)
但报错地方不同，是小分子最后一个氢原子。我发现，1mlw这个蛋白中也有GLN氨基酸，但是没有报错。
请教各位前辈我这个蛋白出现问题的具体原因，我自己琢磨难道是没有考虑离子与氨基酸之间的成键关系，但是这个蛋白具体成键关系我还不知道，望各位前辈指点！

作者
Author: 停云云 时间: 2025-2-10 20:32
已经解决，是自己没有理解透彻参数的含义。

作者
Author: 虚心学习 时间: 2025-6-3 16:42

停云云发表于 2025-2-10 20:32
已经解决，是自己没有理解透彻参数的含义。

您好，请问是如何解决的？遇到了同样的问题。是.in文件中哪一项参数设置出了问题吗，请指教，非常感谢！

作者
Author: 停云云 时间: 2025-11-21 09:32

虚心学习发表于 2025-6-3 16:42
您好，请问是如何解决的？遇到了同样的问题。是.in文件中哪一项参数设置出了问题吗，请指教，非常感谢！

抱歉，我主课题不做MD相关内容，太久之前做的这个了，是帮别人搞的，最后他那个蛋白结构有问题，现在没做了。已经忘记那个问题怎么解决的了，下次如果有相同情况一定把解决方案放出来，我想应该是那个文件里面有什么比较低级的错误，所以我才会像上面那样回答。

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