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标题: 想请教一下大佬们，跑nvt系综，石英壁面发生滑移了是怎么回事？ [打印本页]

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-2-10 11:52
标题: 想请教一下大佬们，跑nvt系综，石英壁面发生滑移了是怎么回事？
在NVT条件，跑了CO2在石英狭缝中与油的接触状况，结果跑完后，用vmd打开gro文件发现石英壁面发生滑移，但是导入xtc文件的话，每一帧的轨迹都是正常的。但在出数据如CO2的msd时，会出现，There were 1186 inconsistent shifts. Check your topology的问题。对轨迹使用了-pbc atom 以及 -pbc nojump还是一样会出现inconsistent shifts，想请教一下大佬们，这是什么原因呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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作者
Author: 牧生 时间: 2025-2-10 13:37
你这个石英表面看起来也没有饱和羟基啊，这可能就有点不合理哦。
羟基化的石英和金都不需要冻结，靠文献中的参数，是可以维持很好的结构的。

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... E%D1%F5%BB%AF%B9%E8
http://sobereva.com/153

http://bbs.keinsci.com/thread-42862-1-1.html

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-2-11 12:03
本帖最后由 sssyyuan 于 2025-2-11 12:05 编辑

牧生发表于 2025-2-10 13:37
你这个石英表面看起来也没有饱和羟基啊，这可能就有点不合理哦。
羟基化的石英和金都不需要冻结，靠文献中 ...

您好，石英表面我都饱和羟基了，我根据您说的取消冻结了，发现滑移更严重了。但是轨迹文件导入进去，又是很正常的，这个是gro文件显示的滑移 (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 牧生 时间: 2025-2-11 14:08
http://bbs.keinsci.com/thread-46377-1-1.html

看第五楼，再用dynamicbonds显示，就没问题

作者
Author: sssyyuan 时间: 2025-2-13 10:55
本帖最后由 sssyyuan 于 2025-2-13 10:57 编辑

牧生发表于 2025-2-11 14:08
http://bbs.keinsci.com/thread-46377-1-1.html

看第五楼，再用dynamicbonds显示，就没问题

结果如下，想请教一下原因： (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 牧生 时间: 2025-2-13 11:11
本帖最后由牧生于 2025-2-13 11:12 编辑

先说清楚，你要问什么。。我看了一会这图，猜你想问的是金属有点变形？如果是金属变形，说明你用的金的参数有点不合理。按照这篇文献给的金的参数JPCC,112,17281，是能很好维持金的结构的。

如果确实没法把参数搞好，把金冻结也行。虽然过程不太合理，但结果是合理的。

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