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标题: 用antechamber处理小分子的问题 [打印本页]

作者
Author: tianflame 时间: 2017-2-26 23:02
标题: 用antechamber处理小分子的问题
本帖最后由 tianflame 于 2017-2-26 23:04 编辑

大家好：

我用antechamber处理以下小分子的mol2文件，见附件图片，事先在GaussView进行了rebond并保存为mol2文件：

使用的命令和输出的warning如下：
[root@localhost mol2]# antechamber -i niy.mol2 -fi mol2 -o niy.prepi -fo prepi -c bcc -at amber
Unknown bond type for BOND(C6-C7:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C6-C8:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C7-C9:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C8-C10:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C9-C11:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(C10-C11:Ar), assuming it is a single bond
Unknown bond type for BOND(N13-O14:Ar), assuming it is a single bondTotal number of electrons: 118; net charge: 0

请问为何程序无法识别出这些bond type？如何才能让程序识别？
另外得到的prepi文件为：

0 0 2
This is a remark line
molecule.res
MOL INT  0
CORRECT    OMIT DU BEG
  0.0000
1  DUMM  DU M 0  -1  -2    0.000    .0       .0    .00000
2  DUMM  DU M 1 0  -1    1.449    .0       .0    .00000
3  DUMM  DU M 2 1 0    1.523 111.21    .0    .00000
4  O4 O2 M 3 2 1    1.540 111.208  -180.000 -0.750300
5  C3 C    M 4 3 2    1.259 135.780 92.416  0.940600
6  O16 O2 E 5 4 3    1.259 119.968  -126.031 -0.750300
7  C2 CT M 5 4 3    1.539 119.994 53.850 -0.078500
8  N1 N3 3 7 5 4    1.470 109.499  -149.983 -0.833600
9  H17 H    E 8 7 5    1.000 109.495  -179.927  0.445800
  10  H18 H    E 8 7 5    1.000 109.484 60.042  0.445800
  11  H19 H    E 8 7 5    1.000 109.478 -59.903  0.445800
  12  H20 HP E 7 5 4    1.071 109.468 90.058  0.090700
  13  C5 CT M 7 5 4    1.540 109.537 -29.909 -0.048100
  14  H21 HC E 13 7 5    1.070 109.444 -60.013  0.098200
  15  H22 HC E 13 7 5    1.071 109.461 59.938  0.098200
  16  C6 CA M 13 7 5    1.539 109.500 179.997 -0.147300
  17  C7 CA M 16  13 7    1.401 120.023 150.027 -0.068000
  18  H23 HA E 17  16  13    1.070 120.042 -0.093  0.162000
  19  C9 CA M 17  16  13    1.402 120.009  -179.995 -0.274200
  20  N13 NO B 19  17  16    1.470 119.965 179.947  0.325200
21  O14 DU E 20  19  17    1.237 119.954 179.910 -0.216500
  22  O15 DU E 20  19  17    1.360 120.009 -0.017 -0.216500
  23  C11 CA M 19  17  16    1.400 119.996 -0.082  0.226100
  24  O12 OH S 23  19  17    1.430 120.015  -179.946 -0.484100
  25  H26 HO E 24  23  19    0.960 109.472 29.978  0.471000
  26  C10 CA M 23  19  17    1.401 120.009    0.022 -0.171000
  27  H25 HA E 26  23  19    1.070 120.016 179.975  0.173000
  28  C8 CA M 26  23  19    1.401 120.019    0.029 -0.044000
  29  H24 HA E 28  26  23    1.069 120.035 179.995  0.163000

LOOP
C8 C6
IMPROPER
C2 O4 C3  O16
C7 C8 C6 C5
C6 C9 C7  H23
C7  C11 C9  N13
C9  O14  N13  O15
C9  C10  C11  O12
  C11 C8  C10  H25
C6  C10 C8  H24
DONE
STOP

好像硝基的两个氧原子没有指定好：
21  O14 DU E 20  19  17    1.237 119.954 179.910 -0.216500
  22  O15 DU E 20  19  17    1.360 120.009 -0.017 -0.216500

请问我可以手动修改吗？如何修改？GAFF原子类型中氧有以下几种：
o  : Oxygen with one connected atom
oh : Oxygen in hydroxyl group
os : Ether and ester oxygen
ow : Oxygen in water
请问第一种合适吗？硝基中的氧应该是哪一种呢？

另外我看prepi文件中指定的原子类型都是大写，而GAFF原子类型却是小写，请问二者有区别吗，是如何联系统一在一起的？

问题比较初级，请见谅，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-2-27 03:39
把-at amber去掉，要不然antechamber是按照AMBER力场而不是GAFF力场指认的原子类型
AMBER力场原子名都是大写，GAFF是小写，以此可以一起使用而不造成冲突

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