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标题: 酶的团簇优化中如何理解显式水分子在不同位置的变化？ [打印本页]

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Author: zep 时间: 2025-2-10 21:36
标题: 酶的团簇优化中如何理解显式水分子在不同位置的变化？
本帖最后由 zep 于 2025-2-10 21:36 编辑

各位老师好，我在研究酶的团簇模型中发现，我的某个过渡态走IRC后几何优化得到下一步的中间体1（水分子在A位置）对应A途径，我如果想让水分子在B位置对应另一条途径，我重新调整中间体1结构，重新几何优化得到中间体1（水分子在B位置），这样子我是不是可以理解中间体1（水在A位置）是过渡态得到的，中间体1（水在B位置）需要中间体1（水在A位置）经过水分子自己调整进而得到。
还是其实只有中间体1（水分子在A位置），这一条路径，不存在另一种情况？请各位老师指点

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Author: Huschein 时间: 2025-2-10 22:43
你可以这么理解但是化学反应的发生一般就是飞秒尺度，所以不要显著的改变结构，如果这两个IM坐标上差不多是可以的

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Author: zep 时间: 2025-2-10 23:31

Huschein 发表于 2025-2-10 22:43
你可以这么理解但是化学反应的发生一般就是飞秒尺度，所以不要显著的改变结构，如果这两个IM坐标上差不多 ...

好的感谢回复，请问IM坐标上差不多，具体点我可以这样子理解吗？如果我得两个体系坐标只有水分子移动较为明显比如1-2埃米，变换位置，其余靠近水的的变化很小，远的甚至基本不变，这算是差不多，如果是水的位置发生了改变，团簇内其余坐标也发生了改变并且较大就属于显著改变结构

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