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标题: Molclus调用在ORCA对团簇进行结构优化时，输出文件无内容的问题 [打印本页]

作者
Author: Meso_Alt 时间: 2025-2-11 03:19
标题: Molclus调用在ORCA对团簇进行结构优化时，输出文件无内容的问题
本帖最后由 Meso_Alt 于 2025-2-11 14:25 编辑

诸位老师们好，本人在使用Molclus调用ORCA进行对genmer生成的1去甲肾上腺素分子与20水分子构成的团簇时，输出的isomers.xyz中并无任何内容，为首次出现，之前在对相同分子的由gentor生成的不同构象水团簇进行同样的操作时并无同样问题。
此问题由何造成？
附上molclus运行过程中输出，中间文件已被自动删除。orca.out为新任务运行一小时左右后的输出。

在运行此任务时曾出现过PMIX ERROR:OUT-OF-RESOURCE的报错，但尝试重启后并未出现此问题。怀疑为相关问题，有保留截图但过大无法上传。

最近曾重装了openmpi4.1.1，但重装后有顺利运行过不同分子构象的相同任务。

系统：ubuntu server 22.04，openmpi版本4.1.1。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-2-11 03:49
上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

作者
Author: Meso_Alt 时间: 2025-2-11 13:34

wzkchem5 发表于 2025-2-11 03:49
上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

我重新启动了一下任务，目前只有输入文件，输出文件还得等待一会

orca.inp内容如下：
! r2SCAN-3c opt noautostart miniprint nopop
%maxcore  1600
%pal nprocs 128 end
%cpcm
smd true
SMDsolvent "water"
end

* xyz 0 1
C    -0.59691547 0.44671307 -0.79108720
C    -1.25088457 0.79546712 0.38924921
C    -0.71598959 0.37622258 1.60200590
C    0.50616350 -0.31432374 1.62897447
C    1.15024393 -0.66596795 0.45061942
C    0.56100383 -0.33074698 -0.77069697
C    1.14673382 -0.86695051 -2.05259450
C    0.70010024 -2.32998080 -2.31088908
N    -0.69611428 -2.60163312 -1.91693639
O    0.77037647 -0.08417300 -3.15800722
O    1.10370036 -0.59302958 2.82718816
O    -1.37490187 0.55792708 2.77536783
H    -0.99529308 0.79070837 -1.74808963
H    -2.17606522 1.37428295 0.37429176
H    2.10647345 -1.18881570 0.49909402
H    2.26371111 -0.77840666 -2.07295169
H    1.38427814 -3.04546714 -1.80837100
H    0.78739255 -2.53462703 -3.40535149
H    -1.26151790 -1.77101559 -2.05660931
H    -0.75614752 -2.85240327 -0.94034046
H    -0.18745005 -0.16171590 -3.38846544
H    0.49039805 -1.22674226 3.37053377
H    -1.30375263 1.52835745 3.07980846
O    0.52591068 3.74972061 -2.14456133
H    0.58402301 4.44265692 -2.79731839
H    0.93665227 4.15534830 -1.29115787
O    -2.87128289 -1.61314256 3.29691742
H    -2.48656192 -0.74256246 3.14255582
H    -2.16303242 -2.10602281 3.72957541
O    2.60933832 -2.81033944 2.93869210
H    3.50598187 -2.67943226 3.24298122
H    2.20780009 -1.92681949 2.86635941
O    -0.08623616 -2.75617033 3.59900390
H    -0.17044312 -3.06995773 2.66746656
H    0.66458657 -3.25601348 3.94585068
O    2.17065412 2.26373064 0.80931557
H    2.95149202 1.83934142 0.32670750
H    1.41771108 1.83286474 0.39823658
O    1.45119895 4.71867287 0.02205514
H    1.90934230 3.93228898 0.38396597
H    0.61087832 4.75400391 0.53551711
O    2.43925981 1.98972938 -2.82252865
H    1.86049732 1.26347223 -3.07710899
H    1.82282516 2.66890022 -2.52092828
O    -3.25499740 -2.39490942 -3.25426573
H    -2.58629753 -3.08034500 -3.10167380
H    -2.75436446 -1.65259856 -3.63776955
O    2.25733794 -3.46211129 0.36010128
H    1.29387856 -3.41389479 0.35838578
H    2.48414665 -3.37060538 1.30070693
O    -2.76587457 -2.77009298 0.88944344
H    -3.04393866 -2.14412066 0.20990983
H    -2.91974106 -2.33328292 1.75582634
O    -1.87298085 3.20762501 -1.09245149
H    -2.39446412 3.97398803 -1.34793421
H    -0.99415655 3.33017183 -1.53972270
O    -0.33856953 -3.61729854 1.07448252
H    -1.27197477 -3.24356142 0.95251185
H    -0.45719366 -4.56818721 1.04962880
O    3.88092257 -1.64507949 -0.76413897
H    4.46156571 -2.10977988 -1.35509109
H    3.26733942 -2.30562087 -0.38910687
O    -0.66350749 3.01269660 3.39967873
H    0.29101698 2.67061732 3.43650180
H    -0.82112841 3.45978231 4.22679281
O    -3.25679272 1.22346674 -2.25263989
H    -3.42430468 0.49041365 -1.63935821
H    -2.77380561 1.91406590 -1.77478736
O    -3.71809724 -1.09216125 -0.97476698
H    -3.57194278 -1.64137850 -1.80004822
H    -4.67330552 -1.08047775 -0.86352213
O    3.85937825 1.05194087 -0.75117686
H    3.83859997 0.09542795 -0.74386728
H    3.43379953 1.35916565 -1.57616878
O    -0.96271781 4.41723968 1.13326672
H    -0.89314947 3.91080391 1.95037181
H    -1.37123991 3.85396747 0.47411136
O    -1.81475070 -0.21831306 -3.88043169
H    -2.35325119 0.42400601 -3.32910023
H    -1.80238339 0.12345716 -4.77287566
O    1.70678963 1.96270320 3.42808380
H    2.00888431 2.15200654 2.51273343
H    1.55063732 1.01166867 3.40962973
*

作者
Author: Meso_Alt 时间: 2025-2-11 14:26

wzkchem5 发表于 2025-2-11 03:49
上传molclus自动生成的orca输入文件，以及对应的orca输出文件

新任务运行一小时左右后的输出文件已附上。

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-2-11 20:04
molclus已经输出”Error: Optimization did not converge! Therefore do not update initial geometry“，推测是orca在优化过程中几何优化不收敛，molclus判断为任务失败，所以没把结构写进去。又因为settings.ini里面ibkout= 0，所以molclus没有备份输出文件。

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-2-11 20:12
回到输入文件本身，128核并行有些浪费，可以少给点核，多给内存。如果机子确实有128个物理内核，可以绑核以后同时跑多个任务，可以提高不少计算效率。r2SCAN-3c结构优化时速度比B97-3c慢，对当前体系在优化精度上也不见得有明显优势，且r2SCAN-3c本身容易出虚频，所以如果没有特殊理由，建议理论方法换B97-3c或者B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP

作者
Author: Meso_Alt 时间: 2025-2-13 01:15

Stardust0831 发表于 2025-2-11 20:12
回到输入文件本身，128核并行有些浪费，可以少给点核，多给内存。如果机子确实有128个物理内核，可以绑核以 ...

给到多少核多少内存为好呢？

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-2-13 02:27

Meso_Alt 发表于 2025-2-13 01:15
给到多少核多少内存为好呢？

128核核数太大了，并行时的效率损失可能比较严重。如果有128个物理内核的话，可以绑核同时跑四个32核的任务。具体可以看《通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时》（http://sobereva.com/553）。内存的话，我个人习惯是会把maxcore设置成到物理内存/总并行核数的80%，此处只给80%的原因是orca有时可能用超过设定值的内存。

作者
Author: Meso_Alt 时间: 2025-3-20 20:49

Stardust0831 发表于 2025-2-13 02:27
128核核数太大了，并行时的效率损失可能比较严重。如果有128个物理内核的话，可以绑核同时跑四个32核的任 ...

多谢老师！

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