计算化学公社

标题: VMD计算RDF，在靠近0处有小峰 [打印本页]

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-2-11 13:47
标题: VMD计算RDF，在靠近0处有小峰
各位大佬好，我想计算被膜孔捕捉的离子与水的RDF，我将lammps生成的轨迹文件导入VMD计算，细节如图所示。其中serial 338是模拟体系图中被膜“捕获”的离子。type6 是水分子中的氧原子的元素类型。我阅读了之前公社有相关问题的帖子，社长提到过说是盒子大小的问题，可是我模拟过程是用的NVT，不存在盒子尺寸的变化。另外社长也建议过观看轨迹文件去查看不正常的地方。我反复观看了轨迹，我并没有发现有任何不正常的情况发生。本人VMD新手，自己研究了一段时间没有找出原因，因此求助各位大佬，这样的错误是什么原因导致的

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-12 05:36
确保在VMD里已经对每一帧正确定义了盒子信息
对轨迹的PBC记录方式设置不当也可能造成这种问题

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-2-12 14:48

sobereva 发表于 2025-2-12 05:36
确保在VMD里已经对每一帧正确定义了盒子信息
对轨迹的PBC记录方式设置不当也可能造成这种问题

感谢社长的回答，我发现VMD在读取轨迹的时候确实没有正确定义盒子信息。由于我是lammps模拟后生成的轨迹文件直接放入VMD，请问这样的情况应该如何解决？是因为我lammps的输出文件设置没有设对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-12 22:26

海棠依旧cdut 发表于 2025-2-12 14:48
感谢社长的回答，我发现VMD在读取轨迹的时候确实没有正确定义盒子信息。由于我是lammps模拟后生成的轨迹 ...

我不用Lammps，不清楚
可以自行在VMD里运行定义盒子的命令，如pbc set {10.0 12.0 11.0} -all：设置所有帧的盒子尺寸为10*12*11埃

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-2-13 11:08

sobereva 发表于 2025-2-12 22:26
我不用Lammps，不清楚
可以自行在VMD里运行定义盒子的命令，如pbc set {10.0 12.0 11.0} -all：设置所有 ...

很抱歉再次打扰社长，我按照您的建议进行了修改，但是我发现命令写好了后VMD没有变化。请问是我命令理解有误还是一些其他操作没有到位呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-13 11:45

海棠依旧cdut 发表于 2025-2-13 11:08
很抱歉再次打扰社长，我按照您的建议进行了修改，但是我发现命令写好了后VMD没有变化。请问是我命令理解 ...

本来就那样，已经定义完了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)