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标题: 对晶体的NPT-F系统做MD发现分子越跑越远 [打印本页]

作者
Author: Lyy1 时间: 2025-2-11 19:59
标题: 对晶体的NPT-F系统做MD发现分子越跑越远
各位老师们好，我的体系是如图1的一个分子组成如图2的周期性体系，采用pbe(D3BJ)/dzvp-molopt-sr-gth对其在300K、1个大气压下做了NPT-F系统的动力学模拟预平衡，结果分子越跑越远如图3所示。尝试了较小的压浴的TIMECON都不行，请问老师这种情况改怎么处理。其中图2是直接在文献SI中直接下载的cif。以压浴的TIMECON=1000为例，其相关的输入文件、cif以及在xyz文件在附件中。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-11 20:14
打开VESTA检查.cif文件，可见有很多三氟甲基和叔丁基都是无序状态，显然直接拿这种原子还有分数占据的结构跑分子动力学会得到离谱结果。参考社长博文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

涉及盒子尺寸变化的任务（包括变胞优化和NPT系综的分子动力学）应当用pdb或dcd格式记录轨迹，而不是没法同时记录盒子信息的xyz格式。

……等下，为啥要对这个跑分子动力学？

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