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标题: MDAnalyse无法读取trr文件 [打印本页]

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2025-2-12 09:58
标题: MDAnalyse无法读取trr文件
本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-2-12 10:23 编辑

想请问一下，我在使用MDAnalyse读取trr文件时出现如下的报错：
（环境是在pycharm中创建的，版本为Python 3.12.7，输入的拓扑文件为Gromacs的tpr文件，轨迹文件为trr文件，Gromacs版本为2024.3）

Traceback (most recent call last):
  File "D:\pythonProject\data_analyse\PU\end_to_end_ACF.py", line 8, in <module>
trr_data = mda.Universe("{}/{}".format(root_path, top_file_name), "{}/{}".format(root_path, traj_file_name))
            ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\core\universe.py", line 436, in __init__
self.load_new(coordinates, format=format, in_memory=in_memory,
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\core\universe.py", line 665, in load_new
self.trajectory = reader(filename, format=format, **kwargs)
                  ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\lib\util.py", line 2562, in wrapper
return func(self, *args, **kwargs)
         ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\coordinates\XDR.py", line 148, in __init__
self._xdr = self._file(self.filename)
            ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "MDAnalysis\\lib\\formats\\libmdaxdr.pyx", line 135, in MDAnalysis.lib.formats.libmdaxdr._XDRFile.__cinit__
  File "MDAnalysis\\lib\\formats\\libmdaxdr.pyx", line 199, in MDAnalysis.lib.formats.libmdaxdr._XDRFile.open
OSError: XDR read error = notfound
Exception ignored in: <function ReaderBase.__del__ at 0x0000020BCEEB7B00>
Traceback (most recent call last):
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\coordinates\base.py", line 1531, in __del__
self.close()
  File "D:\pythonProject\test\venv\Lib\site-packages\MDAnalysis\coordinates\XDR.py", line 186, in close
self._xdr.close()
^^^^^^^^^
AttributeError: 'TRRReader' object has no attribute '_xdr'

我查了一下这可能是由于xdrlib相关的库文件缺失导致的，但我检查了一下环境中安装的依赖，存在xdrlib，应该是安装MDAnalyse时同时安装的：
(, 下载次数 Times of downloads: 18)

想请问一下，造成这种现象的原因可能是什么，该如何解决

(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: lucky1999 时间: 2025-2-12 10:06
可以的话，上传一下tpr和trr文件

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2025-2-12 10:13

lucky1999 发表于 2025-2-12 10:06
可以的话，上传一下tpr和trr文件

已上传了trr与tpr文件，由于原trr过大，我只截取了一帧的trr，但报错是同样的

作者
Author: lucky1999 时间: 2025-2-12 10:45
我刚刚试了一下，在我的电脑上是可以正常读取的，你可以试试更新一下MDAnalysis的版本，我的MDAnalysis版本是2.8.0。

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2025-2-12 11:38
本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-2-12 11:43 编辑

lucky1999 发表于 2025-2-12 10:45
我刚刚试了一下，在我的电脑上是可以正常读取的，你可以试试更新一下MDAnalysis的版本，我的MDAnalysis版本 ...

我的版本是没问题的，但我找到原因了，应该是我的地址中存在中文，导致程序无法识别文件所在的地址

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

path1 和 path2 的路径不包含中文，path3和path4的路径包含中文
前者读取成功了，后者发生了同样的错误提示

我怀疑是因为MDAnalysis读取轨迹时会写入一个npz文件，这个路径在传递过程中出现编码问题
目前来说我使用英文路径应该就能解决这个问题

但不知道您有没有什么比较好的方法解决这个中文路径问题

补充：使用MDAnalysis读取gro文件的时候就不存在这个bug，估计是MDAnalysis中TRRReader独有的问题

可能是因为使用了xrd这个c语言库，不像纯python脚本那样支持中文路径（但我不太懂C，所以不知道对不对）

作者
Author: Loading0760 时间: 2025-2-12 13:31

jrfjrf123 发表于 2025-2-12 11:38
我的版本是没问题的，但我找到原因了，应该是我的地址中存在中文，导致程序无法识别文件所在的地址

解决办法就是文件夹及文件名称不要有中文和空格

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