计算化学公社

标题: 关于 “计算RESP原子电荷的超级懒人脚本”计算过程中的报错信息求助 [打印本页]

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Author: p58m9 时间: 2025-2-12 11:31
标题: 关于 “计算RESP原子电荷的超级懒人脚本”计算过程中的报错信息求助
本人属于初学者，目的是将分子对接的结果用于动力学计算，windows系统已经安装了Multiwfn_3.8_dev_bin_Win64和g16w。在使用计算RESP2原子电荷的超级懒人脚本时出现报错。在git bash上使用计算RESP2原子电荷的超级懒人脚本时出现报错：Running single point task in gas phase via Gaussian...
The task has failed! Exit the script...。 (, 下载次数 Times of downloads: 48) xyz文件能够成功生成，运行气相单点能计算出了问题。我修改脚本能够输出multiwfn.log和tmp.xyz用于检查问题。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-12 11:42
17241.pdb是初始结构吗，从哪里来的？碳原子全都裸露着，直接用于Gaussian计算没法得到合理结果，需要先用GaussView等结构编辑软件把所有氢给补上。

作者
Author: p58m9 时间: 2025-2-12 13:02

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-12 11:42
17241.pdb是初始结构吗，从哪里来的？碳原子全都裸露着，直接用于Gaussian计算没法得到合理结果，需要先用G ...

感谢您的回复，这个是我vina对接的pdbqt结果，用GaussView保存成的pdb，我用GaussView自动加氢后依然会报错。
R9000P@LAPTOP-4V0HUN77 MINGW64 /e/dock/resp2
$ ./RESP2.sh 17241.pdb 0 1 water
Net charge = 0
Spin multiplicity = 1
Solvent is water
delta parameter is 0.5
Generating tmp.xyz...
tmp.xyz exists.

Running optimization task under solvent via Gaussian...
The task has failed! Exit the script...

作者
Author: Loading0760 时间: 2025-2-12 13:35

p58m9 发表于 2025-2-12 13:02
感谢您的回复，这个是我vina对接的pdbqt结果，用GaussView保存成的pdb，我用GaussView自动加氢后依然会报 ...

$ ./RESP2.sh 17241.pdb 0 1 water
你这里的17241.pdb加氢了吗？

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-12 13:35

p58m9 发表于 2025-2-12 13:02
感谢您的回复，这个是我vina对接的pdbqt结果，用GaussView保存成的pdb，我用GaussView自动加氢后依然会报 ...

我拿GaussView的Tools - Atom List - Edit - Add Hydrogens for All Atoms试了一下，似乎C18加氢所得甲基有点不太正常，可以和Avogadro的加氢结果比较一下。注意检查末端-OSO3H的质子化状态，如果氢已经电离出去则总电荷应该是-1而非0。如果还有其他问题，需把出错时留下的gau.gjf和gau.out上传以便检查。

作者
Author: p58m9 时间: 2025-2-12 17:19

Loading0760 发表于 2025-2-12 13:35
$ ./RESP2.sh 17241.pdb 0 1 water
你这里的17241.pdb加氢了吗？

一开始没有加，后面那次加过了

作者
Author: p58m9 时间: 2025-2-12 17:33

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-12 13:35
我拿GaussView的Tools - Atom List - Edit - Add Hydrogens for All Atoms试了一下，似乎C18加氢所得甲基 ...

Avogadro的加氢苯环上没有氢，会直接报错。GaussView和Avogadro加氢用vscode可以看到原子和键的数据是有不同（不确定是不是计算方法的误差），将总电荷改为-1后显示这个不变Running optimization task under solvent via Gaussian...应该有几个小时了。

作者
Author: p58m9 时间: 2025-2-12 17:34
麻烦您指点一下，多谢。

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-12 20:54
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-12 20:56 编辑

p58m9 发表于 2025-2-12 17:33
Avogadro的加氢苯环上没有氢，会直接报错。GaussView和Avogadro加氢用vscode可以看到原子和键的数据是有 ...

这gau.out好空，按理该有的输出内容不知道丢到哪了。此时排查问题应该绕开脚本单独跑高斯，具体说就是把gau.gjf里的#改成#P，然后在命令行用g16 < gau.gjf | tee gau.out提交任务，这样输出既能记录于gau.out又能实时显示在屏幕上，看看有无异常。说实话我不确定像这样在mingw64提供的shell环境下提交Windows版Gaussian任务是否可靠，另外路径里的GAUSSVIEW拼写错误有点离谱。

编辑：与此同时，如果遇到问题也可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html这两篇帖子，先自行尝试解决。

作者
Author: p58m9 时间: 2025-2-12 21:09

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-12 20:54
这gau.out好空，按理该有的输出内容不知道丢到哪了。此时排查问题应该绕开脚本单独跑高斯，具体说就是把g ...

好的，十分感谢，我先自己研究一下。

作者
Author: yaohuaxiaoshuo 时间: 2025-5-10 16:04
windows 下也能用懒人脚本吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-10 20:16

yaohuaxiaoshuo 发表于 2025-5-10 16:04
windows 下也能用懒人脚本吗？

vmware虚拟机里装个linux系统就能用
参考
在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示
http://sobereva.com/454（http://bbs.keinsci.com/thread-11806-1-1.html）

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-11 08:27
本帖最后由牧生于 2025-5-11 09:21 编辑

yaohuaxiaoshuo 发表于 2025-5-10 16:04
windows 下也能用懒人脚本吗？

win下可以直接用的。在cmder里面，可以直接运行的，但是要注意路径的修改。比如我用的orca，就改成：

ORCA="D:\ORCA_6.0.1\orca.exe"
orca_2mkl="D:\ORCA_6.0.1\orca_2mkl.exe"

实际运行的效果和linux下无异
(, 下载次数 Times of downloads: 54)

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