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标题: cp2k+plumed 中能量获取有点问题 [打印本页]

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Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 16:50
标题: cp2k+plumed 中能量获取有点问题
我在用cp2k+plumed提交metadynamics的任务时，获得了meta-1.ener文件，想问下这里面 Cons Qty[a.u.] 这一列可以提取作为实际体系的自由能吗。还有就是5000fs 动力学才输出了十几步的HILLS文件，想问下如何修改命令才能修改HILLS的输出频率，谢谢了。

作者
Author: wolfli369 时间: 2025-2-12 17:10
http://bbs.keinsci.com/thread-31927-1-1.html

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-12 17:52
不可以的，粗略的相对自由能是通过偏置势的积分得到的。并且应该设置CV的上下限。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 18:24

ljh123 发表于 2025-2-12 17:52
不可以的，粗略的相对自由能是通过偏置势的积分得到的。并且应该设置CV的上下限。

怎么得到呢。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 18:24

wolfli369 发表于 2025-2-12 17:10
http://bbs.keinsci.com/thread-31927-1-1.html

谢谢您。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-12 18:48

maoxinxina 发表于 2025-2-12 18:24
怎么得到呢。

plumed手册里找sum_hills

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 19:22

ljh123 发表于 2025-2-12 18:48
plumed手册里找sum_hills

plumed sum_hills --bin 99,99 --min -pi,-pi --max pi,pi --hills PATHTOMYHILLSFILE 我是用这行命令执行的，但是实际上因为HILLS输出过短，所以fes.dat的内容也比较少，我想问下在Plumed.dat里面怎么设置才能让HILLSD的输出频率变高一些。

作者
Author: Weldingspock 时间: 2025-2-12 20:40

maoxinxina 发表于 2025-2-12 19:22
plumed sum_hills --bin 99,99 --min -pi,-pi --max pi,pi --hills PATHTOMYHILLSFILE 我是用这行命令执 ...

应该有类似于stride的参数，可以设置输出频率，你看看他们的manual

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 20:41

Weldingspock 发表于 2025-2-12 20:40
应该有类似于stride的参数，可以设置输出频率，你看看他们的manual

谢谢了

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-12 20:56

maoxinxina 发表于 2025-2-12 19:22
plumed sum_hills --bin 99,99 --min -pi,-pi --max pi,pi --hills PATHTOMYHILLSFILE 我是用这行命令执 ...

你500步才沉积一个高斯函数，所以输出少啊。PACE参数设置500太大了

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-12 20:59

maoxinxina 发表于 2025-2-12 19:22
plumed sum_hills --bin 99,99 --min -pi,-pi --max pi,pi --hills PATHTOMYHILLSFILE 我是用这行命令执 ...

而且你这个体系这么容易发生反应吗？总时长5ps，而且总共就沉积10个高斯函数，竟然就能观察到反应吗？

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-12 21:00

ljh123 发表于 2025-2-12 20:56
你500步才沉积一个高斯函数，所以输出少啊。PACE参数设置500太大了

嗯啊，谢谢指导。

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