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标题: amber24+ambertool24安装，BuildRotateAroundBondFromTo错误如何解决 [打印本页]

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-2-13 09:13
标题: amber24+ambertool24安装，BuildRotateAroundBondFromTo错误如何解决
amber24+ambertools24, centos stream 10,  安装出错：

make install
。。。。。。。。。。。。。
[ 94%] Built target leap_terminal_obj
[ 94%] Building C object AmberTools/src/leap/src/leap/CMakeFiles/leap_xleap_obj.dir/xAction.c.o
/root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/xAction.c: In function ‘zActionTwistTorsions’:
/root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/xAction.c:1108:49: error: passing argument 1 of ‘BuildRotateAroundBondFromTo’ from incompatible pointer type [-Wincompatible-pointer-types]
1108 |       BuildRotateAroundBondFromTo( tTank->tank.uUnit,
   |                                     ~~~~~~~~~~~^~~~~~
   |                                              |
   |                                              UNIT {aka UNITt *}
In file included from /root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/xAction.c:52:
/root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/build.h:68:64: note: expected ‘CONTAINER’ {aka ‘struct CONTAINERSTRUCT *’} but argument is of type ‘UNIT’ {aka ‘UNITt *’}
68 | extern void          BuildRotateAroundBondFromTo( CONTAINER cCont,
   |                                                    ~~~~~~~~~~^~~~~
make[2]: *** [AmberTools/src/leap/src/leap/CMakeFiles/leap_xleap_obj.dir/build.make:90: AmberTools/src/leap/src/leap/CMakeFiles/leap_xleap_obj.dir/xAction.c.o] Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:7400: AmberTools/src/leap/src/leap/CMakeFiles/leap_xleap_obj.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:156: all] Error 2

查了下，  好像是 /root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/xAction.c 文件中，
for ( i=0; i<iMax; i++, tT++ ) {
      BuildRotateAroundBondFromTo( tTank->tank.uUnit,
                                    tT->aAtomInvisible,
                                    tT->aAtomStart,
                                    dTwist,
                                    tT->bInRing );
}

和/root/amber24_src/AmberTools/src/leap/src/leap/build.h中
extern void          BuildRotateAroundBondFromTo( CONTAINER cCont,
                              ATOM aInv, ATOM aStart,
                              double dRotate, BOOL bInRing );

函数时参数传递不正确。
本人不懂C语言。
请教，这个如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-13 09:18
这种事往往来自于程序和编译器版本不兼容
centos stream 10太新了，尝试用RockyLinux 9.x。如果重装系统代价太大，可以用VMware虚拟机装相应系统进行编译测试

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-2-13 09:33

sobereva 发表于 2025-2-13 09:18
这种事往往来自于程序和编译器版本不兼容
centos stream 10太新了，尝试用RockyLinux 9.x。如果重装系统代 ...

装centos stream10是因为有其他程序在centos7,8上安装坑太多，而在centos stream10上很顺利。
没用过RockyLinux 9.x，是否适合各种计算程序的安装?

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-13 09:40

kekexili_08 发表于 2025-2-13 09:33
装centos stream10是因为有其他程序在centos7,8上安装坑太多，而在centos stream10上很顺利。
没用过Roc ...

在我来看，RockyLinux 9是目前最适合用于计算服务器的系统，是以前的CentOS的灵魂的正统继承者

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-13 10:34

kekexili_08 发表于 2025-2-13 09:33
装centos stream10是因为有其他程序在centos7,8上安装坑太多，而在centos stream10上很顺利。
没用过Roc ...

按照 2024.11 的 TOP500 排名来看
第5，HPC6，RHEL 8.9
第6，Supercomputer Fugaku，RHEL 8
第 11，MareNostrum 5 ACC，RedHat 9.1

Rocky Linux is a Linux distribution that is intended to be a downstream, complete binary-compatible release using the Red Hat Enterprise Linux (RHEL) operating system source code. The project is led by Gregory Kurtzer, founder of the CentOS project.

用 Rocky8/9 没有任何问题，到时很少在hpc 上看到用CentOS Stream系统的。

作者
Author: kekexili_08 时间: 2025-2-17 18:22
参考 https://blog.csdn.net/vdoublev/article/details/139162528
感觉是安装正常，总体顺利。
测试中。

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