标题: 关于使用gromacs模拟蛋白同源多聚体的形成并没有观察到理想结果的一些问题 [打印本页] 作者Author: YuniJ 时间: 2025-2-13 18:00 标题: 关于使用gromacs模拟蛋白同源多聚体的形成并没有观察到理想结果的一些问题 如题所示，我对三个单体（蛋白质）进行了100ns的模拟，期望看到他们形成三聚体的过程，但结果并没有形成三聚体（实验中可以形成三聚体），只是其中两个蛋白有简单的接触，使用的mdp已上传，初始是自由放置了三个单体。因此想请教各位老师关于同源寡聚体的形成应该怎么模拟？另外使用gmx dssp分析二级结构时发现，生成的结果（.dat和xvg）中没有α螺旋和β折叠，但初始结构是有的，模拟是否有问题？ 作者Author: student0618 时间: 2025-2-13 18:48
100ns is too short for that process, better use some enhanced sampling method.作者Author: YuniJ 时间: 2025-2-13 18:51