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标题: Gromacs计算中出现错导致中断 [打印本页]

作者
Author: jiushizhege 时间: 2025-2-13 18:40
标题: Gromacs计算中出现错导致中断
本帖最后由 jiushizhege 于 2025-2-13 18:46 编辑

请问各位老师在使用Gromacs计算分子动力学时出现下面错误，请问是什么原因呢，该怎么解决呢？

starting mdrun ''
30000000 steps,  30000.0 ps.
step 4800: timed with pme grid 84 84 84, coulomb cutoff 1.000: 212.6 M-cycles
step 5000: timed with pme grid 72 72 72, coulomb cutoff 1.116: 562.1 M-cycles
step 5200: timed with pme grid 80 80 80, coulomb cutoff 1.004: 678.9 M-cycles
step 5400: timed with pme grid 84 84 84, coulomb cutoff 1.000: 392.9 M-cycles
            optimal pme grid 84 84 84, coulomb cutoff 1.000
step 25724100, will finish Thu Feb 13 18:43:31 2025
-------------------------------------------------------
Program:    gmx mdrun, version 2023.2
Source file: src\gromacs\gpu_utils\device_stream.cu (line 101)
Function: void DeviceStream::synchronize() const

Assertion failed:
Condition: stat == cudaSuccess
cudaStreamSynchronize failed. CUDA error #719 (cudaErrorLaunchFailure):
unspecified launch failure.

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

这是分子动力学的mdp文件 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-13 22:45
凡是GPU跑有问题时，改用纯CPU跑再试看看情况
光给个mdp几乎毫无用处，绝大多数情况问题都不是来自于mdp

并且别写fourierspacing = 0.16这种网上流传的多余且对精度有害的设置

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