计算化学公社

标题: 怎么读取trr中坐标 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2017-2-27 19:51
标题: 怎么读取trr中坐标
知道VMD或者MDAnalysis之类的可以提取坐标，
但是这就像黑盒子一样而且效率不高。

想问一下有没有什么方法可以直接读，想用python或者C直接处理trr文件

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-2-27 20:32
http://www.gromacs.org/Downloads

可以使用xdrfile-1.1.4.tar.gz来读取gmx输出的轨迹文件是C语言的程序

作者
Author: compume 时间: 2017-2-27 21:43

ruanyang 发表于 2017-2-27 20:32
http://www.gromacs.org/Downloads

可以使用xdrfile-1.1.4.tar.gz来读取gmx输出的轨迹文件是C语言的程序

谢谢！

没有查到用法，
安装后直接在代码中加 #include "xdrfile_xtc.h" 提示找不到文件

是我的环境设置有误吗？
没有root权限所以安装在自己文件夹下

作者
Author: ruanyang 时间: 2017-2-28 08:35
#include "define.h"
//#include "user_function.h"
#include <float.h>
#include "xdrfile.h"
#include "xdrfile_xtc.h"
#include "xdrfile.c"
#include "xdrfile_xtc.c"

应该是这样写！
确定一下你的.bashrc文件中是否指定了上述的路径

作者
Author: compume 时间: 2017-2-28 10:17

ruanyang 发表于 2017-2-28 08:35
#include "define.h"
//#include "user_function.h"
#include

thx! 我再试试

作者
Author: ggdh 时间: 2017-2-28 11:03
本帖最后由 ggdh 于 2017-2-28 12:04 编辑

python的话可以用MDAnalysis
http://pythonhosted.org/MDAnalysis/index.html不知道为啥说MDAnalysis是黑盒子。。开源程序可以看源代码的。。

作者
Author: compume 时间: 2017-2-28 14:44

ggdh 发表于 2017-2-28 11:03
python的话可以用MDAnalysis
http://pythonhosted.org/MDAnalysis/index.html不知道为啥说MDAnalysis是黑 ...

thx!
主要还是因为我没太搞懂o(╯□╰)o……

作者
Author: compume 时间: 2017-2-28 21:27

ruanyang 发表于 2017-2-28 08:35
#include "define.h"
//#include "user_function.h"
#include

您好！
我后来再编译的时候加了 -I/地址就好了，谢谢！

另外我想问一下这个包的用法哪里可以查到呢？GROMACS官网还是直接网上搜都查不到……

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