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标题: 使用Amber20在平衡阶段或生产阶段报错 [打印本页]

作者
Author: Sulyoung 时间: 2025-2-14 13:11
标题: 使用Amber20在平衡阶段或生产阶段报错
我使用Amber20跑cMD，体系的氨基酸大概有1058个，使用CHARMM-GUI加膜和水以及离子，总原子数大概有20万个。跑到equilibrium阶段，脂质分子的极性头部分进入水相，然后production阶段，盒子被拉长，直接报错。我尝试了很多办法，比方说检查我的初始结构、增加能量最小化的步数、增加平衡时间（从10 ns 增加到50 ns）、把ntp=3改成ntp=2和增加弛豫时间taup、反复使用CHARMM-GUI换细胞膜等等，都没有什么效果。

随后我增加了盒子的大小，water thickness改成了25，并且增加XY的值，随后发现到平衡阶段，体系又跑崩了，变成了一块一块的了。

我想问问到底是什么原因造成这种结果的。

参数文件：
min0(CPU)
  &cntrl
imin=1,maxcyc=10000,ncyc=10000,
cut=12.0,ntb=1,
ntc=1,ntf=1,
ntpr=50,
  /
min1(GPU)
  &cntrl
imin=1,maxcyc=100000,ncyc=50000,
cut=12.0,ntb=1,
ntc=1,ntf=1,
ntpr=500,
  /
heat
&cntrl
  imin=0,
  irest=0,
  ntx=1,
  nstlim=250000,
  dt=0.002,
  ig=-1,
  ntc=2,
  ntf=2,
  cut=12.0,
  ntb=1,
  ntpr=5000,
  ntwx=5000,
  ntwr=5000,
  ntt=3,
  gamma_ln=2.0,
  tempi=0.0,
  temp0=310.0,
  ntr=1,
  restraintmask='(:1-1059)|(:PC)',
  restraint_wt=50.0,
  nmropt=1
/
&wt TYPE='TEMP0', istep1=0, istep2=200000,
  value1=0.0, value2=300.0, /
&wt TYPE='TEMP0', istep1=200001, istep2=250000,
  value1=310.0, value2=310.0, /
&wt TYPE='END' /
equilibrium
  &cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
iwrap=1,
nstlim=10000000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,
cut=12.0, ntb=2, taup=5.0,
ntp=2,
ntpr=5000, ntwx=5000,
ntwr=5000,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
tempi=310.0, temp0=310.0,
ntr=1, restraintmask=':1-1059' ,
restraint_wt=50.0,
/
production
  &cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
iwrap=1,
nstlim=5000000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,
cut=12.0, ntb=2, taup=5.0,
ntp=2,
ntpr=5000, ntwx=5000,
ntwr=5000,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
tempi=310.0, temp0=310.0,
/

作者
Author: zhouoh 时间: 2025-2-16 02:47
膜体系需要用半各向同性控压，你可以看看amber官方教程的用的关键词（https://github.com/callumjd/AMBER-Membrane_protein_tutorial）
具体类似这种“ntb = 2, ntp=3, csurften=3, gamma_ten=0.0, ninterface=2, barostat = 2, taup=5.0, ”

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