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标题: 关于绘制电解液中Na+和PF6-的RDF图的疑问 [打印本页]

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Author: spinel 时间: 2025-2-15 14:16
标题: 关于绘制电解液中Na+和PF6-的RDF图的疑问
本帖最后由 spinel 于 2025-4-25 11:12 编辑

各位老师好，我想通过分子动力学模拟电解液，绘制Na+和PF6-离子，以及Na+和二乙二醇二甲醚的径向分布函数（RDF）。使用的软件是Gromacs202.6。使用packmol构建盒子。盒子为正方体盒子，边长40Å。放置Na+：12，PF6-：12，二乙二醇二甲醚：171。能量最小化过程和md过程均可以正常结束。md结束后绘制rdf，如图1所示。我的模拟结果中，F在Na+周围出现的概率占绝对优势。但是我参考了很多文献，都是溶剂分子对应的g（r）更大，而无机阴离子对应的g(r)更小。出现这种情况可能是什么原因呢？
文献中使用的溶剂有和我相同的二乙二醇二甲醚，也有不同的，参考文献对应的rdf图如图2~图4所示。图片对应原文链接：图2：Sole‐Solvent High‐Entropy Electrolyte Realizes Wide‐Temperature and High‐Voltage Practical Anode‐Free Sodium Pouch Cells - Li - Advanced Materials - Wiley Online Library。图3：Designing Advanced Electrolytes for High-Safety and Long-Lifetime Sodium-Ion Batteries via Anion–Cation Interaction Modulation | Journal of the American Chemical Society。图4：A Temperature‐Adapted Ultraweakly Solvating Electrolyte for Cold‐Resistant Sodium‐Ion Batteries - Cui - Advanced Energy Materials - Wiley Online Library。我进行动力学模拟的数据见附件中的“gmx模拟”。JIA.pdb代表二乙二醇二甲醚的pdb文件。

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Author: yxdd98 时间: 2025-2-15 21:35
本帖最后由 yxdd98 于 2025-2-15 21:39 编辑

快速看了下，你的成键项参数全是用mSeminario method产生的？可能PF6的确是需要这么做，但溶剂应该不用吧，GAFF力场应该有预定义的，用预定义的可能会更好地展现柔性效应

作者
Author: spinel 时间: 2025-2-15 22:43

yxdd98 发表于 2025-2-15 21:35
快速看了下，你的成键项参数全是用mSeminario method产生的？可能PF6的确是需要这么做，但溶剂应该不用吧， ...

老师您好，您说的mSeminario method是指拓扑文件中的参数吗？我的itp文件全部是用sobtop产生的，是拓扑文件产生的方式不对吗？

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Author: yxdd98 时间: 2025-2-15 23:14

spinel 发表于 2025-2-15 22:43
老师您好，您说的mSeminario method是指拓扑文件中的参数吗？我的itp文件全部是用sobtop产生的，是拓扑文 ...

你用sobtop产生tip文件时是选的用力场预定义参数吗，还是自己提供了文件？

作者
Author: spinel 时间: 2025-2-16 00:08

yxdd98 发表于 2025-2-15 23:14
你用sobtop产生tip文件时是选的用力场预定义参数吗，还是自己提供了文件？

我是参照了sob老师的博文http://sobereva.com/635，其中用到的mol2文件，我用orca优化了溶剂的结构，然后产生的out文件用OfakeG转化为gaussview可识别的文件，然后保存为mol2。ORCA产生的hess文件对应博文中使用的fchk文件，其他设置都和博文中一样

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Author: yxdd98 时间: 2025-2-16 00:48

spinel 发表于 2025-2-16 00:08
我是参照了sob老师的博文http://sobereva.com/635，其中用到的mol2文件，我用orca优化了溶剂的结构，然后 ...

PF6成键结构特殊些，可以这么做；溶剂就是典型的有机分子，没必要采取这种方式，直接用力场自带参数就好，除非很多参数缺失再考虑这种做法。具体的请看sobtop主页，这些情况sob老师都讲过的

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Author: sobereva 时间: 2025-2-16 02:34
注意看“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？” http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11

Na+更是绝对不应该用sobtop来产生拓扑信息，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

图片直接贴，不要作为附件上传

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Author: spinel 时间: 2025-2-16 11:16

yxdd98 发表于 2025-2-16 00:48
PF6成键结构特殊些，可以这么做；溶剂就是典型的有机分子，没必要采取这种方式，直接用力场自带参数就好 ...

好的，谢谢老师

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Author: spinel 时间: 2025-2-16 11:16

sobereva 发表于 2025-2-16 02:34
注意看“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？” http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
...

谢谢sob老师。我下次发帖注意。

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Author: spinel 时间: 2025-4-24 20:58

sobereva 发表于 2025-2-16 02:34
注意看“FAQ 11：什么时候才需要Sobtop基于Hessian算力常数？” http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
...

卢老师，我按照您的建议，对有机溶剂分子（二甘醇二甲醚，拓扑文件我命名为JIA.itp，对应参考文献中的G2分子）采用了sobtop官网上苯甲酸甲酯的例子，Na+使用力场自带的文件，复现了文献A Temperature‐Adapted Ultraweakly Solvating Electrolyte for Cold‐Resistant Sodium‐Ion Batteries - Cui - Advanced Energy Materials - Wiley Online Library中的例子，改文献支撑信息中提供了做动力学的信息，如图1.我使用了和文献中一样的参数。相关文件已经在附件中提供：“packmol”文件是使用packmol建模的文件。“sobtop”是使用sobtop创建PF6-和二甘醇二甲醚拓扑文件。“md”是能量最小化和动力学的相关文件（轨迹文件太大了我就没有上传）。“RDF”是生成的径向分布函数文件，考察的是Na+和PF6-中所有F原子的RDF，以及Na+和二甘醇二甲醚所有O原子的RDF。绘制的径向分布函数如图2所示。目前还是Na+和PF6-的g（r）值较大，与文献中相反。请问老师我的模拟出现的问题是什么呢？

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