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标题: 粗粒化模拟中往盒子里加模拟拥挤的原子后报错 [打印本页]

作者
Author: xkw0519 时间: 2025-2-16 10:00
标题: 粗粒化模拟中往盒子里加模拟拥挤的原子后报错
请问论坛的大家，我Gromacs用的粗粒化立场，dt=0.001，为了模拟拥挤情况，我往盒子里加入了很多原子，并且在top文件里把相互作用常数c12改为了拥挤原子的尺寸。

在做md的时候，一开始我把加的原子的质量设为1，但是这样得不到想要的结果，之后我把质量设置成真实质量5538，接下来的模拟就一直报错，搜索错误代码是原子位移太大，爆炸了，但是在轨迹中没有看见粒子飞来飞去。

top文件里质量的设置是这样的

[ atomtypes ]

  ;name  mass    charge ptype c10    c12

CA       1.000 0.000 A 0.000 0.167772160E-04

CR  5538.000 0.000 A 0.000 1.330416141E+05

执行的命令是

gmx grompp -f sd.mdp -c em.gro -r em.gro -p kinesin.top -o run.tpr

gmx mdrun -v -s run.tpr -noddcheck -table table_file.xvg -tablep table_file.xvg -nt 16

错误代码是这样的

step 4454200, will finish Thu Apr  3 20:33:31 2025vol 0.17  imb F 160%

A list of missing interactions:

            Bond of 3299 missing -164

            Angle of 3289 missing -273

      Proper Dih. of 6558 missing -684

-------------------------------------------------------

Program gmx, VERSION 5.0.4

Source code file: /home/xxx/Desktop/gmx5.0.4-sbm8.1/src/gromacs/mdlib/domdec_top.c, line: 210

Software inconsistency error:

Some interactions seem to be assigned multiple times

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS

website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

-------------------------------------------------------

gromacs版本是5.0.4，gmx2018和4.6.7都试过了，一样的报错。把质量改为1跑了大概10亿步只报错了一次，把质量改为70000报错更快，把质量改成10也会报错。我感觉可能是拥挤原子质量太大了把Ca原子给撞飞了，但不知道怎么解决。从出错的前一帧重新开始跑，跑很长时间也不会出错，感觉出错是一个很随机的现象。

我在论坛里看见有人也有类似的错误代码，但是A list of missing interactions:  Bond of 3299 missing 后面接的都是正数，我想问一下大家这种问题在质量保持很高的情况下应该怎么解决，谢谢。

作者
Author: xkw0519 时间: 2025-2-17 10:16
问题解决了，换了gromacs2019，就不再报错了，虽然不知道是什么原因

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