计算化学公社

标题: 有没有可能用高斯来对Mxene进行结构优化呢 [打印本页]

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-16 20:31
标题: 有没有可能用高斯来对Mxene进行结构优化呢
想问问各位大佬，有没有可能用高斯来对Mxene进行结构优化呢（只是想取一下Mxene的静电势图）
如果可以，Mxene的结构示意应该是如何在gv上如何表达呢

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-16 20:34
使用簇模型。取一大块，固定四周，考察中间的性质就可以了。不过周期性体系最好还是用vasp，cp2k等专门工具。高斯并不好用。

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-16 20:49

tonganlhy 发表于 2025-2-16 20:34
使用簇模型。取一大块，固定四周，考察中间的性质就可以了。不过周期性体系最好还是用vasp，cp2k等专门工具 ...

谢谢指导，另外我想问一下有相关的研究或者文章做个类似的工作嘛，具体可否分享分享

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-16 20:55
Mxene这种周期性这么好的肯定大部分不是用高斯研究的，更何况Mxene体系有点复杂（相比石墨烯），簇还不能取太小，用高斯吃力不讨好。除非你要研究Mxene上吸附一个分子，那还可以说说。

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-16 21:12

tonganlhy 发表于 2025-2-16 20:55
Mxene这种周期性这么好的肯定大部分不是用高斯研究的，更何况Mxene体系有点复杂（相比石墨烯），簇还不能取 ...

我的目的就是想呈现出Mxene与另一个分子的相互作用力，这种作用力是弱相互作用力，与你所说的吸附一个分子是不是也有相同之处呢

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-16 21:17
如果是这种那高斯就可以（当然cp2k也可以，不过我不太懂）。方法就是抠一个代表性的簇出来，固定周围原子，然后把你的分子放上去优化。具体可以参考这篇http://sobereva.com/540，例子非常有代表性。

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-16 21:29

tonganlhy 发表于 2025-2-16 21:17
如果是这种那高斯就可以（当然cp2k也可以，不过我不太懂）。方法就是抠一个代表性的簇出来，固定周围原子， ...

好的，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-17 03:35
强烈建议用CP2K当周期性计算，完全免费，且算这玩意速度远比Gaussian用簇模型快得多，通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）能快速顺利上手，结合Multiwfn创建输入文件用起来非常方便。

算完之后，除了算相互作用能外，还可以结合Multiwfn做诸多波函数分析，比如非常常用的IGMH方法图形化展现弱相互作用，看
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）
再比如考察各原子对色散吸引作用的贡献，看
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705（http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html）
等等。CP2K做周期性计算后也可以绘制MXene表面的静电势图进行讨论，上述培训班里“电子结构的分析”部分专门讲了做法和例子。

更多的看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-17 11:52

sobereva 发表于 2025-2-17 03:35
强烈建议用CP2K当周期性计算，完全免费，且算这玩意速度远比Gaussian用簇模型快得多，通过北京科音CP2K第一 ...

好的老师，我想问问有没有文章的研究是关于MXene计算类的研究呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-17 12:18

顶顶顶顶顶发表于 2025-2-17 11:52
好的老师，我想问问有没有文章的研究是关于MXene计算类的研究呢

这种文章多了去了，等待别人回答的功夫，用google学术已经搜到一大堆了
但凡稍微有点知名度的结构，绝对早就被人算过了。

作者
Author: 顶顶顶顶顶 时间: 2025-2-17 15:00

sobereva 发表于 2025-2-17 12:18
这种文章多了去了，等待别人回答的功夫，用google学术已经搜到一大堆了
但凡稍微有点知名度的结构，绝对 ...

好的老师

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: yesterday 15:06

tonganlhy 发表于 2025-2-16 20:55
Mxene这种周期性这么好的肯定大部分不是用高斯研究的，更何况Mxene体系有点复杂（相比石墨烯），簇还不能取 ...

你好，请问个问题哈，在这种MXene结构中，是不是先用cp2k计算小体积的晶体结构(比如20个原子），获取振动分析输出文件，然后再使用soptop计算大体积的itp（比如1000个原子）? 请问这个由小到大的转换如何操作？需要自定义每个原子类型然后自己编写键参数吗？

作者
Author: 飞翔的胖吉 时间: yesterday 15:07

顶顶顶顶顶发表于 2025-2-17 15:00
好的老师

哈喽，请问楼主会生成MXene拓扑文件了吗？可否交流一下？

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