计算化学公社

标题: 求助，如何用qm/mm方法，计算cof与某小分子的结合能 [打印本页]

作者
Author: 我爱学习2022 时间: 2025-2-17 11:02
标题: 求助，如何用qm/mm方法，计算cof与某小分子的结合能
想请问一下，计算cof和其他小分子结合能的时候用的是onion模型吗？具体命令是什么呢？谢谢各位大佬！

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-17 11:12
感觉COF这种体系直接做周期性计算的更多，或者截取簇模型算也行，为啥要折腾QM/MM或者ONIOM呢……？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-17 11:37
那叫ONIOM。用ONIOM根本就不是必须的。即便是用量子化学程序以簇模型计算，当簇足够大的时候也不需要用这种近似手段。半经验级别的方法总是直接就能算得动足够大的簇
并且分清楚QM/MM和ONIOM(QM:MM)，是两码事，标题和帖子内容必须对应

认真看下文。甚至连什么程序都不说，毫无意义的提问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

直接用CP2K基于DFT算COF和小分子的相互作用又快又好，结合Multiwfn创建输入文件又省事（http://sobereva.com/587），通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）又可以很快上手，是算这种问题的最好选择。比鼓捣ONIOM强多了。

作者
Author: 我爱学习2022 时间: 2025-2-17 11:40

sobereva 发表于 2025-2-17 11:37
那叫ONIOM。用ONIOM根本就不是必须的。即便是用量子化学程序以簇模型计算，当簇足够大的时候也不需要用这种 ...

谢谢老师指正，我去学习一下

作者
Author: ChemG 时间: 2025-2-17 14:28
尝试过使用ONIOM(PBE0-D3BJ:pm6-d3)做显式溶剂化的计算，PBE0-D3BJ用于描述催化中心，外层的显式溶剂用pm6-d3，外层的显式溶剂确实描述的不理想。最后尽量减少显示溶剂层，缩到了100出头的原子数，用orca暴力硬算了（包括优化和柔性扫描），其实计算量也还能接受，计算结果比我用ONIOM明显靠谱。
其实，COF很适合抠出簇模型来算，也可以像社长说的用cp2k算，各有优势吧

作者
Author: tonganlhy 时间: 2025-2-17 18:12
可能还是要看COF的结构。COF结构越复杂，cp2k优势越大。

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