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标题: Multiwfn＋VMD绘制静电势ESPext.bat脚本使用出现问题 [打印本页]

作者
Author: H_sien 时间: 2025-2-17 21:12
标题: Multiwfn＋VMD绘制静电势ESPext.bat脚本使用出现问题
在按照http://sobereva.com/443教程“3绘制单个分子的分子表面静电势图例子”时，在使用脚本ESPext.bat时碰到问题：
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(, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 29) (, 下载次数 Times of downloads: 27)
图一                                                          图二                                                                   图三
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图一是尝试绘制静电势的分子文件（附件1sih3cl.fch   (, 下载次数 Times of downloads: 0) ），附件二为.wfn文件（ (, 下载次数 Times of downloads: 0) ）。
图二为Multiwfn通过 12  //定量分子表面分析和0  //开始计算得到静电势极值点（五个极大值，五个极小值）
图三为Multiwfn图形界面显示的10个极值点。
当使用ESPext.bat脚本时，产生文件surfanalysis.pdb（ (, 下载次数 Times of downloads: 0) ），VMD中却不同的显示8个极小值（图四），surfanalysis.pdb文件也有8个极小值。（图五）
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(, 下载次数 Times of downloads: 32) (, 下载次数 Times of downloads: 28)
                           图四                                                             图五
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想着我可能哪部分理论知识没有领悟到或者思维混乱，一直没找到问题在哪，还麻烦大家指教一下。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 12:11
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 14:22
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）文中明确说了

常有人问为什么他通过ext命令绘制出的分子表面静电势极值点的数目和他自己在Multiwfn里用主功能12做静电势的定量分子表面分析给出的不符，这是因为ESPext.bat脚本把格点间距设成了0.15 Bohr，而Multiwfn默认用的是0.25 Bohr。格点间距越小表面顶点确定得越准确。显然不符的时候，通过ESPext.bat给出的更准。如果想要二者结果一样，在Multiwfn主功能12里进行计算前先选选项3修改格点间距为0.15 Bohr即可。

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