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标题: 求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题 [打印本页]

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Author: NEW12138 时间: 2025-2-17 21:39
标题: 求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题
求助genmixmem建膜后利用slipids力场膜平衡APL过大的问题

我先是采用了”Optimization of Slipids Force Field Parameters Describing Headgroups of Phospholipids"这篇文献的参数跑了10 ns的Berendsen半各向异性控压npt（参数如第一个图），而后跑了100 ns的Parrinello-Rahman半各向异性控压md，其它参数还有一些微不同，但是膜的APL到68个埃了（POPE/POPG膜），因为之前看过一篇POPE/POPG膜的模拟（Phosphatidylethanolamine-Phosphatidylglycerol Bilayer as a Model of the Inner Bacterial Membrane），APL在62个埃左右，我和这篇文献用的POPE/POPG的比例也是一样的，感觉APL差的有点多。npt.mdp和md.mdp的参数如附件（rlist1.2和1.4都跑了，盒子x/y轴的尺寸就是跑md的前期不停的变大，第二个图是10 ns的md的box尺寸变化）所以现在有两个点不确定：1.是否要纠结于这个APL的问题，还是只要体系平衡了就好。2.如果确实存在问题，想请教各位老师如何优化
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Author: sobereva 时间: 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用的参数去跑，观察情况、通过对比找原因。单一组分的膜都模拟成功了再说混合组分的膜的事

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Author: NEW12138 时间: 2025-2-18 17:31

sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用 ...

谢谢sob老师，我是直接用的slipids官网的pdb文件，然后利用avogadro软件拉直之后建的膜。听您的建议，我再跑个单一组分的膜对比一下看看

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-2-21 21:45

sobereva 发表于 2025-2-18 14:36
http://www.fos.su.se/~sasha/SLipids/Downloads.html上有各种磷脂膜的pdb文件，以其为初始结构结合当前用 ...

sob老师好，之后我又去调参数跑纯膜对照，发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一直增大这样的问题了，谢谢老师。不过还有一个地方想请教一下，像POPG这种不饱和磷脂在模拟的时候是否需要限制双键运动防止异构呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-22 08:47

NEW12138 发表于 2025-2-21 21:45
sob老师好，之后我又去调参数跑纯膜对照，发现是POPG没有中和离子的问题导致的。现在的模拟不会出现APL一 ...

不用

作者
Author: NEW12138 时间: 2025-2-22 10:25

sobereva 发表于 2025-2-22 08:47
不用

谢谢老师！

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