计算化学公社

标题: 使用OpenMM对环肽进行REMD模拟，请问需要如何修改amber力场信息 [打印本页]

作者
Author: HAYASHI 时间: 2025-2-17 21:43
标题: 使用OpenMM对环肽进行REMD模拟，请问需要如何修改amber力场信息
如题，想对环肽进行REMD模拟，看了下plumed的教程感觉有点复杂，于是想使用OpenMM进行模拟，请问需要如何修改amber力场信息使其可以对环肽模拟

作者
Author: 18217265596 时间: 2025-2-17 23:16
为什么不直接用amber呢

作者
Author: HAYASHI 时间: 2025-2-18 09:37

18217265596 发表于 2025-2-17 23:16
为什么不直接用amber呢

组里服务器没amber软件（

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 13:52
看清楚板块再发贴，经典力场的动力学程序的问题不得发到量子化学版块。下次发错了直接删帖+扣分处理。

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “使用OpenMM对环肽进行模拟” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-18 13:54

HAYASHI 发表于 2025-2-18 09:37
组里服务器没amber软件（

“没有xxx软件”，对于AMBER、GROMACS等本来就是免费公开下载的软件来说，完全不构成不使用的理由
免费、高效、且用户最多的GROMACS的目前版本的pdb2gmx直接就能产生环肽的拓扑文件，并且能做REMD模拟

作者
Author: HAYASHI 时间: 2025-2-18 14:31

sobereva 发表于 2025-2-18 13:54
“没有xxx软件”，对于AMBER、GROMACS等本来就是免费公开下载的软件来说，完全不构成不使用的理由
免费 ...

哦哦不好意思老师

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