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标题: VMD 2.0 alpha尝鲜兼议论 [打印本页]
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-2-17 22:36
标题: VMD 2.0 alpha尝鲜兼议论
听闻VMD推出2.0 alpha版（https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd2intro/index.html），图形界面全新改版，觉得可开一帖综合聊聊安装和使用的问题。

目前（2月17日）开放下载的只有Linux版，不需注册用户即可点Download获得vmd-2.0.0a1.bin.LINUXAMD64.tar.gz。

一开始的编译就遇到问题了……
尝试在虚拟机的Rocky Linux 9.3操作，由于电脑只有普通集显，首先编辑configure.options删去OPTIXRTRT、LIBOPTIX、CUDA选项，然后再按README所述在目录下执行./configure，进入src文件夹执行make install，最后修改.bashrc添加环境变量。结果试图打开时报错
  1. OpenGLDisplayDevice) Creating OptiX RTRT context...
  2. OptiXRenderer) Error setting RT_GLOBAL_ATTRIBUTE_ENABLE_RTX!!!
  3. ERROR) OptiXRenderer) ERROR: Failed to load OptiX library (OptiXRenderer.C:1045
  4. ERROR) OptiXRenderer) Failed to create OptiX rendering context
  5. OpenGLDisplayDevice) OptiX RTRT context created.
  6. Segmentation fault (core dumped)
复制代码

用ldd检查编译产生的vmd_LINUXAMD64可执行文件，发现仍然显示liboptix.so.6.5.0 => not found。何故？

作者
Author: CrysW555    时间: 2025-2-18 10:23
本帖最后由 CrysW555 于 2025-2-18 10:25 编辑

震惊，居然还真有2.0，我在Ubuntu24.04LTS上安装VMD没有报错（不是虚拟机），试用了一下感觉似乎各种功能都没有明显的变化，只有UI进行了大幅度的调整.在新的UI上有一个 make pretty的按钮，似乎可以对蛋白质结构进行美化。调整了一些菜单选项的位置，但是感觉没有本质上的改变。也许python脚本终端值得期待。
作者
Author: Loading0760    时间: 2025-2-18 13:10
UI变化蛮大的，差点有点不适应了。话说PyMOL也是有个版本开始UI变化很大。官方说每个月都会更新，再观摩观摩看看后续的改进吧。
2.0的具体更新可以看官网，感觉主要是在说性能提升，待我后面有需求渲染图片的时候再对比一下，看看速度。
作者
Author: sobereva    时间: 2025-2-18 13:49
对我而言，有意义的也就是representation界面里一些东西搞到了VMD main界面里，对其它方面变化没任何兴趣
非正式版总有一堆乱七八糟毛病，现在去鼓捣会浪费很多时间，还是等正式版发布了我再考虑体验。
作者
Author: Santz    时间: 2025-2-18 16:25
做了个 singularity/apptainer镜像供尝鲜使用，略大，基础系统里塞了很多东西。


作者
Author: fhh2626    时间: 2025-2-18 20:55
VMD感觉半死不活的，正在转nglview
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-2-18 22:51
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-2-19 12:44 编辑

目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用Tachyon或POV-Ray渲染Polyhedra显示风格的图像时还有没有类似这帖的报错；
2. 用POV-Ray渲染填色等值面时图像是否正常显示颜色而非一片灰白；
3. 切换Rendermode为GLSL时有没有类似这帖的瑕疵；
4. 用graphics或者draw绘制的图形是不是仍然像这帖所述只能一个molecule id用一种材质；
5. RDF计算插件能不能支持非正交盒子；
6. Movie Maker插件是不是还用着老旧且收费的videomach；
7. 显示周期镜像时，跨越盒子边界而满足成键判据的原子之间是否能显示化学键或氢键；
8. 载入含形式键级信息的文件后Bonds风格显示的多重键是否仍为套筒形状；
9. HBonds显示风格能不能分别指定给体与受体的选区；
10. 是否支持导入cif文件（不是mmcif）……
作者
Author: CrysW555    时间: 2025-2-19 11:15
fhh2626 发表于 2025-2-18 20:55
VMD感觉半死不活的，正在转nglview

请问nglview相比于VMD有哪些优势能否介绍或者推荐一下？
作者
Author: fhh2626    时间: 2025-2-19 11:44
CrysW555 发表于 2025-2-19 11:15
请问nglview相比于VMD有哪些优势能否介绍或者推荐一下？

开发活跃，搭配MDAnalysis或者MDTraj可以使用Python分析，更加灵活
作者
Author: zdworld    时间: 2025-2-19 13:25
fhh2626 发表于 2025-2-19 11:44
开发活跃，搭配MDAnalysis或者MDTraj可以使用Python分析，更加灵活

但是太难用了，想做一个叠加SDF图倒腾半天也做不成
作者
Author: liuyuje714    时间: 2025-2-19 15:56
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用T ...

我了解的是1和6可以，其他的都不行吧。
作者
Author: fhh2626    时间: 2025-2-24 09:57
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

1. 用T ...

videomach已经免费了，挺好的
作者
Author: boy机人    时间: 2025-2-24 11:05
Santz 发表于 2025-2-18 16:25
做了个 singularity/apptainer镜像供尝鲜使用，略大，基础系统里塞了很多东西。
  • vmd2.0.0a4-rocky8.1 ...

    • 大佬，请问取件码是多少，正好我试试docker
    作者
    Author:     牧生    时间: 2025-2-24 14:17
    boy机人 发表于 2025-2-24 11:05
    大佬，请问取件码是多少，正好我试试docker

    https://quwenjian.cc/#/?code=163L7

    点开就行了啊，不需额外输入取件码啊
    作者
    Author:     chenbq18    时间: 2025-2-28 22:13
    Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-2-18 22:51
    目前仍未搞定编译，暂时不想折腾了。我简单列举一下能想起来的几个问题，请能成功使用的帮看看：

    1. 用T ...

    没有release源码啊，只有bin包，怎么编译的？ 我台式机glibc版本不够，装不了，也想自己编译试试
    作者
    Author:     Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2025-2-28 23:01
    chenbq18 发表于 2025-2-28 22:13
    没有release源码啊，只有bin包，怎么编译的？ 我台式机glibc版本不够，装不了，也想自己编译试试

    啊这，我下载到的包确实应该属于pre-compiled Unix version，用“安装”一词而不是“编译”更合适……1楼说的操作是从目录下./README（或者./doc/ig.pdf）看来的，也不清楚glibc在哪一步可能用上了。

    严格的从源码开始编译VMD这事还得看11楼这位lyj714大哥（甚至他的http://bbs.keinsci.com/thread-19148-1-1.html还是先修改1.9.4a源码再编译的），我也挺想看他出个教程讲一讲如何魔改呢
    作者
    Author:     chenbq18    时间: 2025-3-1 19:29
    本帖最后由 chenbq18 于 2025-3-1 19:31 编辑

    1. 运行configure，里面并没有编译过程
    ldd 查看/vmd LINUXAMD64

    作者
    Author:     chenbq18    时间: 2025-3-1 19:33
    Santz 发表于 2025-2-18 16:25
    做了个 singularity/apptainer镜像供尝鲜使用，略大，基础系统里塞了很多东西。
  • vmd2.0.0a4-rocky8.1 ...

    • 怎么运行啊 容器还有图像界面吗
    作者
    Author:     Santz    时间: 2025-3-2 09:42
    chenbq18 发表于 2025-3-1 19:33
    怎么运行啊 容器还有图像界面吗

    需要你自己的 Linux 上有 Singularity/Apptainer，比如
    1. singularity exec vmd-2.0.0a4.sif vmd
    复制代码

    作者
    Author:     Santz    时间: 2025-3-2 16:06
    chenbq18 发表于 2025-3-1 19:29
    1. 运行configure，里面并没有编译过程
    ldd 查看/vmd LINUXAMD64

    glibc 版本过低，换高版本系统编译
    作者
    Author:     UW_0728.    时间: 2025-8-31 00:17
    Windows版有了（Alpha 6），程序logo也变了，有个问题（也可能是我自己设备的问题）是每次开机后第一次打开VMD2后图形界面会有很长一段时间无响应，随后才能正常开始使用；关掉后后续打开不存在这个问题；Linux下不存在这个问题。
    作者
    Author:     neocc    时间: 2025-8-31 22:50
    UW_0728. 发表于 2025-8-31 00:17
    Windows版有了（Alpha 6），程序logo也变了，有个问题（也可能是我自己设备的问题）是每次开机后第一次打开 ...

    我也下载了最新的win版，但是一打开就报错然后闪退



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