计算化学公社

标题: 请教一下gmx进行au原子的真空模拟报错 [打印本页]

作者
Author: alee1046 时间: 2025-2-18 23:03
标题: 请教一下gmx进行au原子的真空模拟报错
本帖最后由 alee1046 于 2025-2-19 12:28 编辑

各位老师好按照sob老师gromacs培训班金属模拟教程的例子我试着gmx进行au原子的真空模拟在atp文件和itp文件都加入了au的参数建立好了第一步gro的文件但进行平衡的时候出错因为group算法只有2020以前的版本可以用（我是24版本）然后我用verlet算法就报如下错误

(, 下载次数 Times of downloads: 0)
然后au原子的top又不被识别我在gromos54a7力场文件 ffnonbonded.itp和atomtype.atp都加入了讲义上展示的参数但还是没有被识别
(, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
请教一下大家怎么处理

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 08:45
认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
不要就说个“按照sob教程”，谁知道你具体指什么。如果是指北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）培训里我讲金属模拟的例子，把这点说清楚。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 18:09
要么用gromacs老版本，要么pbc=xyz、盒子留出足够真空区

倘若Au的定义严格按照讲义恰当加到了当前用的力场的ffnonbonded.itp的[atomtypes]部分，绝对不会出现找不到原子类型的提示

作者
Author: alee1046 时间: 2025-2-19 20:28

sobereva 发表于 2025-2-19 18:09
要么用gromacs老版本，要么pbc=xyz、盒子留出足够真空区

倘若Au的定义严格按照讲义恰当加到了当前用的力 ...

感谢sob老师已解决

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)