计算化学公社

标题: 想用ambertools来制作多聚物的力场 [打印本页]

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 00:27
标题: 想用ambertools来制作多聚物的力场
在教程ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial27/pet.php学会了如何弄一个多聚体的prmtop文件和inpcrd文件，并能够将其转化为gromacs所需的top文件。但是不知道在用PackMol在把分子放进去后，还能得到上面两个文件prmtop和inpcrd文件。另外想问下有什么好的办法快速制作多聚体的力场文件用于Gromacs模拟。谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 08:40
http://sobereva.com/soft/Sobtop
里面搜聚合物
利用sobtop得到一个聚合物的拓扑文件后，所有同种聚合物就都共享这一个[moleculetype]信息，在[molecules]里恰当指定这种聚合物的数目即可（参考模拟水盒子的情况，一个聚合物分子和一个水分子都一样，都作为一个moleculetype）。

作者
Author: maoxinxina 时间: 2025-2-19 09:28

sobereva 发表于 2025-2-19 08:40
http://sobereva.com/soft/Sobtop
里面搜聚合物
利用sobtop得到一个聚合物的拓扑文件后，所有同种聚合物 ...

谢谢卢天老师。

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