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标题: gmx_MMPBSA bug，FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv与FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv的VDW和EEL不... [打印本页]

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Author: computationalbx 时间: 2025-2-19 10:04
标题: gmx_MMPBSA bug，FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv与FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv的VDW和EEL不...
本帖最后由 computationalbx 于 2025-2-19 21:41 编辑

我发现了gmx_MMPBSA中能量分解的一个潜在问题。当计算VDW和EEL能量时，FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv和FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv这两项结果不一致:

对于整体，VDW = 2A，EEL = B

对于成对分解方法，VDW = 2A，EEL = 2B。

这种差异表明在成对分解方法中可能存在重复计算或计算错误。这可能是一个bug吗，或者对这些差异有什么解释吗？任何见解或建议将不胜感激。

以下分别是程序的FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv和FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv中的内容

For FINAL_DECOMP_MMPBSA.csv
DELTAS:
Total Decomposition Contribution (TDC)
Frame #       Resid 1       Resid 2       Internal       van der Waals       Electrostatic       Polar Solvation       Non-Polar Solv.       TOTAL
2500       R:A:ARG:68       R:A:ARG:68       0       0       0       1.48       0       1.48
2500       R:A:ARG:68       L:C:TYR:8       0       -0.63       -7.22       1.78       0       -6.07
2500       L:C:TYR:8       R:A:ARG:68       0       -0.63       -7.22       1.78       0       -6.07
2500       L:C:TYR:8       L:C:TYR:8       0       0       0       1.07       0       1.07
2501       R:A:ARG:68       R:A:ARG:68       0       0       0       1.29       0       1.29
2501       R:A:ARG:68       L:C:TYR:8       0       -0.96       -6.3       1.89       0       -5.37
2501       L:C:TYR:8       R:A:ARG:68       0       -0.96       -6.3       1.89       0       -5.37
2501       L:C:TYR:8       L:C:TYR:8       0       0       0       0.94       0       0.94
2502       R:A:ARG:68       R:A:ARG:68       0       0       0       1.47       0       1.47
2502       R:A:ARG:68       L:C:TYR:8       0       -0.7       -6.72       1.79       0       -5.63
2502       L:C:TYR:8       R:A:ARG:68       0       -0.7       -6.72       1.79       0       -5.63
2502       L:C:TYR:8       L:C:TYR:8       0       0       0       0.91       0       0.91

For FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv
Delta Energy Terms
Frame #       BOND       ANGLE       DIHED       VDWAALS       EEL       1-4 VDW       1-4 EEL       EPB       ENPOLAR       EDISPER       GGAS       GSOLV       TOTAL
2500       0       0       0       -1.26       -7.22       0       0       37.74       -0.57       0       -8.48       37.17       28.69
2501       0       0       0       -1.92       -6.3       0       0       37.9       -0.51       0       -8.22       37.39       29.17
2502       0       0       0       -1.39       -6.72       0       0       37.72       -0.55       0       -8.11       37.17       29.06

我这里只罗列2500-2502帧来展示，详情可见附件
我的配体受体都只有一个氨基酸来作为测算（实际在我的其他计算中也是存在这个疑问），成对分解的加和即为整体的能量，这应该保持一致
如果只看第2500帧，vdw :-0.63-0.63=-1.26这是一致的，但是到EEL，却-7.22-7.22=-14.44只有下面的一半

这都是一条命令得到的能量文件，但是能量项却不对应，这让人感到困惑

作者
Author: computationalbx 时间: 2025-2-19 10:06
不好意思，发布错了，内容还不完全，我看看怎么删除

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 10:17

computationalbx 发表于 2025-2-19 10:06
不好意思，发布错了，内容还不完全，我看看怎么删除

重新编辑原贴

作者
Author: computationalbx 时间: 2025-2-19 10:25

sobereva 发表于 2025-2-19 10:17
重新编辑原贴

已经重新编辑发布了

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