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标题: 求助CGenFF网站生成charmm力场文件部分参数缺失的问题 [打印本页]

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Author: xliu97 时间: 2025-2-19 15:55
标题: 求助CGenFF网站生成charmm力场文件部分参数缺失的问题
本人在CGENFF By SilcsBio - CGENFFCGENFF网站生成分子的charmm力场，使用网站功能转化gromacs文件并下载，查看其中的文件可以看到分子的二面角，键角等参数包含在文件中ffbonded.itp文件中。但是在后续的gromacs模拟时报错，错误为相关二面角类型没有定义。 (, 下载次数 Times of downloads: 3) 。
以这个报错为例，本人定位到力场文件的报错的那一行，在ffbonded.itp文件中发现确实没有SL CTL1 CL OSL这四个原子的二面角参数，其余的键角和键长信息报错也是如此。之后本人去MacKerell 实验室网站下载charmm36的力场文件，也没有找到相关参数。

请问这种缺失的参数应该在哪里查找呢？能否提供一下信息？或者手动补充的话应该注意什么呢？

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