计算化学公社

标题: 求助大家现在拟合二面角参数都是怎么做的 [打印本页]

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-2-19 16:51
标题: 求助大家现在拟合二面角参数都是怎么做的
请问大家现在拟合二面角参数都是怎么做的，是用钟老师开发的ztop，还是自己计算用origin拟合的。ztop、anaconda3、ambertools24安装了一周都没安装上；自己计算发现太麻烦了，gromacs计算MM又发现不能算孤立体系能量。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 17:30
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-19 17:31
gromacs明明能算孤立体系的MM能量，而且即便是当周期性计算也能描述孤立体系，真空区足够大就完了

拟合算法很简单，自己写程序（比如参考下文），或者origin里自定义被拟合的函数也都能拟合

基于Fortran使用Levenberg-Marquardt算法做非线性拟合一例
http://sobereva.com/541

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-2-19 17:39
本帖最后由古与春分于 2025-2-20 19:37 编辑

sobereva 发表于 2025-2-19 17:31
gromacs明明能算孤立体系的MM能量，而且即便是当周期性计算也能描述孤立体系，真空区足够大就完了

拟合 ...

老师，gromacs计算孤立体系是不是把pbc设为no，这个不是在2020版后不能使用了吗

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