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标题: 求助分子动力学模拟混合溶液NVT过程的问题 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2025-2-20 09:53
标题: 求助分子动力学模拟混合溶液NVT过程的问题
本帖最后由 yangjunfang 于 2025-2-20 10:41 编辑

各位老师好，

我使用GROMAS进行有机小分子，丙酮和水的混合溶液的模拟出现如图所示的错误，写的参数丢失，然后出现很多dd_dump_err_0_n3的PDB文件。但是我用有机小分子分别和丙酮，水模拟的时候是可以正常模拟的，感觉力场文件应该没有问题，其中丙酮采用的是GAFF力场，然后水分子是采用gromacs自带的SPC216.gro。请问各位老师是什么原因，该怎么解决啊。mdp文件和log文件也添加到了链接

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-20 13:57
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查

作者
Author: boqiang 时间: 2025-2-21 09:31
混合物，需要把力场整合

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