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标题: 微塑料对接蛋白质靶点求助 [打印本页]

作者
Author: Clouds 时间: 2025-2-20 12:51
标题: 微塑料对接蛋白质靶点求助
家人萌，俺是医学专硕研一萌新，之前去马来西亚进修，了解到了分子对接这部分。这段时间尝试学习，用微塑料对接蛋白质靶点，但是微塑料是高聚合大分子，单体对接出来效果不是很好，又尝试用5个微塑料单体和蛋白质对接，结合能上升了……我就想会不会聚合的单体越多，结合能越高，然并卵，做不出来😹各位大佬能帮忙解答一下嘛，这个对接有没有意义，可不可行呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-20 13:55
当前根本不是分子对接的场合，而是应该用GROMACS之类程序跑分子动力学来研究

通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）学一遍就明白思路和做法了

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Author: 18217265596 时间: 2025-2-21 12:45
盲猜是xhs来的现在看sob老师的回答你相信我说的了吧

作者
Author: wbqdssl 时间: 2025-2-21 13:13
本人也在学习相关内容。有如下几点想法
a. 你是如何确定对接位置的？或者说你是如何确定binding site的？有相关的文献指出微塑料与当前你选的蛋白有作用吗？如果没有，你这就是瞎对接。因为这种做法没什么实验基础。
b. 单说对接，你这个场景下分子对接没办法提供有用的信息。分子对接是个静态下的考察。微塑料分子和蛋白分子的相互作用如何体现？是否涉及断键成键？是否有现成实验结果能说明微塑料影响蛋白的机制，至少是能为你提供一个大概的方向？是破坏了蛋白结构还是影响了蛋白构象还是其他的什么影响造成了生理功能的改变？研究方向不同用的方法也不同。
c. 你是否研究过生理状态下微塑料在人体内的存在形式？用单体去对接合理吗？微塑料单体的物理化学性质和生理状态下实际存在的一样吗？你用5个单体对接，如果发文章，别人很自然的会有疑惑为什么是5个而不是6个或其他的数量？
d. "单体对接出来效果不是很好" 你这里说的效果不好是什么意思？你用什么指标来判断效果不好呢？这指标合理吗？如果你真想研究明白，除了找到切实的实验基础外，你还需要很了解分子对接和分子动力学模拟的各种操作来保证你结果的合理性。这对萌新来说还是挺难的。如果你真有兴趣，参加社长的培训是个不错的选择。

作者
Author: Clouds 时间: 2025-2-24 23:45

18217265596 发表于 2025-2-21 12:45
盲猜是xhs来的现在看sob老师的回答你相信我说的了吧

谢谢momo老师，已经在学习分子动力学模拟这块了！先入手了解分子动力学模拟是啥，然后再能不能做，感谢大佬！

作者
Author: Clouds 时间: 2025-2-24 23:52

wbqdssl 发表于 2025-2-21 13:13
本人也在学习相关内容。有如下几点想法
a. 你是如何确定对接位置的？或者说你是如何确定binding site的？ ...

谢谢ssl大神！a.对接位置是找的药学朋友接的，其实我个人基础还不是很牢靠（sorry学习中😭），有相关参考文献的，微塑料和蛋白质的对接。但是我的靶点是毒理学筛选的，不是文献指出。b.听大佬们的建议，现在开始考虑用分子动力学模拟来研究微塑料和蛋白质靶点作用的位置和相互作用了，努力学习中！c.研究过，微塑料在人体也是高分子聚合物，只有前体，也不是单体，这也是我一直很纠结的地方，因为高分子聚合物的分子对接做不了，分子动力学模拟也是，达不到10000-20000的聚合度。5是一个机构推荐值我还不是很明白，只是和单体对比。d.结合能不高，所以俺觉得效果不好，我问得老师告诉我硕结合能-7到-8比较有说服力😭😭好的，谢谢ssl老师，俺会继续学习的！☺️😋😎

作者
Author: Clouds 时间: 2025-2-24 23:53

sobereva 发表于 2025-2-20 13:55
当前根本不是分子对接的场合，而是应该用GROMACS之类程序跑分子动力学来研究

通过北京科音分子动力学与G ...

我以为社长是自动回复呢，存钱报名！努力😠

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