进行拉伸过程,紫色为参考分子,蓝色为拉伸分子,想要沿着z拉伸,mdp文件参数如下:
1、将速度设置为0.005则会报错:Distance between pull groups1and22.023212 nm)is larger than .49 times
the boxsize(2.023210))
2、将速度修改为-0.005,其他不变,不报错,但是最终拉伸方向是将分子从下往上拉伸,也就是沿着y正方向拉伸,而我的mdp是向z,请问是为什么?
3、将mdp中的pull_coord1_dim = Y N N 尝试修改成N N Y 或者N Y N 发现分子都是沿着y正方向拉伸,请问是为什么?应该如何设置方向?