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标题: 进行pull处理时拉伸方向问题 [打印本页]

作者
Author:
zhangfaxue    时间: 2025-2-20 15:16
标题: 进行pull处理时拉伸方向问题
本帖最后由 zhangfaxue 于 2025-2-20 17:20 编辑

进行拉伸过程,紫色为参考分子,蓝色为拉伸分子,想要沿着z拉伸,mdp文件参数如下:
1、将速度设置为0.005则会报错:Distance between pull groups1and22.023212 nm)is larger than .49 times
the boxsize(2.023210))
2、将速度修改为-0.005,其他不变,不报错,但是最终拉伸方向是将分子从下往上拉伸,也就是沿着y正方向拉伸,而我的mdp是向z,请问是为什么?
3、将mdp中的pull_coord1_dim  = Y N N 尝试修改成N N Y 或者N Y N 发现分子都是沿着y正方向拉伸,请问是为什么?应该如何设置方向?

拉伸示意图:
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

pull.mdp
(, 下载次数 Times of downloads: 4)


作者
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RandomError    时间: 2025-2-20 18:53
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html

可能可以参考一下这篇帖子
作者
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zhangfaxue    时间: 2025-2-20 19:28
RandomError 发表于 2025-2-20 18:53
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html

可能可以参考一下这篇帖子

谢谢您。我就是参考的这篇帖子,然后调整为使用direction 还是一样方向不对




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