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标题: GMX该怎么计算柔性扫描后单个分子的能量了？ [打印本页]

作者
Author: 古与春分 时间: 2025-2-20 20:42
标题: GMX该怎么计算柔性扫描后单个分子的能量了？
各位老师，我将柔性扫描出来的结构提取出来并做成mix2.pdb文件（共73帧），现要使用gmx计算每帧结构的MM能量，请问该如何操作了。2020版后gmx好像不能在mdp文件设置pbc=no来计算每帧结构能量，如果改成周期性结构，又该如何写mdp文件和命令了。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-21 07:34
周期性计算结合足够大的真空区，对体系的描述等价于非周期性计算

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