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标题: 想跑surfactant的melt里的Li，F，Na，Cl四种离子的扩散，请教这些离子的参数 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2025-2-21 05:23
标题: 想跑surfactant的melt里的Li，F，Na，Cl四种离子的扩散，请教这些离子的参数
各位老师，我最近想跑surfactant的melt里的Li，F，Na，Cl四种离子的扩散，但是找不到合适的力场参数，我想用amber03，我看gromacs里提供的是原子的而不是离子

[ atomtypes ]
;type mass charge ptype sigma epsilon
Cl 17 35.45 0.0000 A 4.40104e-01 4.18400e-01
Na 11 22.99 0.0000 A 3.32840e-01 1.15897e-02
Li 3 6.94 0.0000 A 2.02590e-01 7.65672e-02
F 9 19.00 0.0000 A 3.11815e-01 2.55224e-01

复制代码

我是不是直接把charge改成+1和-1就可以了呀，还有一个小问题，这种情况是把离子拆开，还是以离子对/盐的形式insert进去？

感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-21 06:29
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-21 06:30
搞清楚力场目录下的ions.itp是什么，属于gromacs最基本常识

作者
Author: FrancisLi 时间: 2025-2-21 10:35

sobereva 发表于 2025-2-21 06:30
搞清楚力场目录下的ions.itp是什么，属于gromacs最基本常识

哦哦感谢sob老师，如果我想用Joung和Cheatham的离子参数的话，是不是需要自己把论文中的参数写到gromacs里呀，还是说有什么方便的方法可以直接从gmx里用？而且我看Joung和Cheatham的文章里都是r_min/2而不是sigma，这个是不是还得自己先换算一下再填进去

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-21 11:24

FrancisLi 发表于 2025-2-21 10:35
哦哦感谢sob老师，如果我想用Joung和Cheatham的离子参数的话，是不是需要自己把论文中的参数写到gromacs ...

自己写
看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20里的相应部分

如果力场函数形式不同就必须转换

作者
Author: FrancisLi 时间: 2025-2-21 11:39

sobereva 发表于 2025-2-21 11:24
自己写
看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20里的相应部分

感谢sob老师！想问一下，用gmx里的amber03的参数和Joung和Cheatham的离子参数，对于我的没有水分子的melt系统是不是没有什么区别？或者说两种都可以用？我看Joung和Cheatham的离子参数主要是基于不同的水模型优化得到的

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