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标题: GFN2优化后质子化部分断裂是怎么回事 [打印本页]

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-21 11:08
标题: GFN2优化后质子化部分断裂是怎么回事
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在弱碱下赖氨酸侧链的氨基是质子化的，但是GFN2-xtb opt后NH3+断裂，脱离了分子，还有质子化的H也脱离NH2
是怎么回事

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-21 11:26
如果没带溶剂模型，带上溶剂模型
并且确保净电荷设置正确、初始结构合理
如果确认是理论方法的问题，换其他的，如Gaussian里的PM6D3、MOPAC里的PM6-D3H4X等

作者
Author: milk_q 时间: 2025-2-24 21:19

sobereva 发表于 2025-2-21 11:26
如果没带溶剂模型，带上溶剂模型
并且确保净电荷设置正确、初始结构合理
如果确认是理论方法的问题，换其 ...

sob老师，原子数目比较多，用PM6D3 opt 净电荷设置是4，刚开始就提示失败 Berny optimization.
FormGI is forming the generalized inverse of G from B-inverse, IUseBI=4.
NTrRot= -1 NTRed= 3186 NAtoms= 580 NSkip= 1452 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-25 12:06

milk_q 发表于 2025-2-24 21:19
sob老师，原子数目比较多，用PM6D3 opt 净电荷设置是4，刚开始就提示失败 Berny optimization.
FormGI ...

观看优化轨迹判断情况。如果中途出现了三个原子排成直线，用笛卡尔坐标优化，或者改用MOPAC或xtb（强烈建议改用，对不小的体系优化速度远比Gaussian做半经验计算快得多，而且还没这种问题）

此外，实际处在水环境下的话，对于这样带电荷的体系必须带着溶剂模型计算

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