计算化学公社

标题: 求助，cp2k进行结构优化时耗时太长 [打印本页]

作者
Author: lml@ 时间: 2025-2-21 16:51
标题: 求助，cp2k进行结构优化时耗时太长
在对金属碳氮材料进行结构优化时采用PBE泛函，DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组，同时开启smearing, 使用2，2，2的k点。计算一步SCF耗时4500多秒

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-22 09:21
只用单核计算能不慢么

输出文件里SCF每一轮明明是30-40秒。分清楚SCF每一步和几何优化每一步的关系

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-22 12:45

GLOBAL| MPI I/O enabled T
GLOBAL| Total number of message passing processes 1
GLOBAL| Number of threads for this process 1
GLOBAL| This output is from process 0
GLOBAL| Stack size for threads created by OpenMP (OMP_STACKSIZE) default
GLOBAL| CPU model name Intel(R) Xeon(R) Gold 6226R CPU @ 2.90GHz
GLOBAL| CPUID 1003
GLOBAL| Compiled for CPUID 0

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单核算？

作者
Author: Santz 时间: 2025-2-22 13:03
40 核，CP2K-2022.2，1h 左右就能计算完。

作者
Author: lml@ 时间: 2025-2-22 14:11

sobereva 发表于 2025-2-22 09:21
只用单核计算能不慢么

输出文件里SCF每一轮明明是30-40秒。分清楚SCF每一步和几何优化每一步的关系

好的谢谢老师的回复，我提交任务的时候用的是mpirun -np 16 cp2k.popt -i Co-C4N.inp -o Co-C4N.out &这个命令,我理解这个命令是使用了16个核进行计算，所以我猜测可能是cp2k的编译过程出了问题。

作者
Author: lml@ 时间: 2025-2-22 14:12

Santz 发表于 2025-2-22 13:03
40 核，CP2K-2022.2，1h 左右就能计算完。

谢谢您的回复

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-22 14:40

lml@ 发表于 2025-2-22 14:11
好的谢谢老师的回复，我提交任务的时候用的是mpirun -np 16 cp2k.popt -i Co-C4N.inp -o Co-C4N.out &这 ...

如果你是在有任务调度系统的超算上从登录节点往计算节点提交任务的话，不能简单地像本机运行那样单写一个mpirun指令，而是应该把安装CP2K时使用的设置（http://sobereva.com/586的2.3节加入~/.bashrc的内容）连同mpirun一起写到提交脚本里。修改登录节点的.bashrc不会使其在计算中生效。

作者
Author: lml@ 时间: 2025-2-22 15:51

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-2-22 14:40
如果你是在有任务调度系统的超算上从登录节点往计算节点提交任务的话，不能简单地像本机运行那样单写一个 ...

好的，谢谢你，我现在去试试

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