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标题: 跑双蛋白配体复合物动力学模拟遇到问题 [打印本页]

作者
Author: lmtt 时间: 2025-2-22 19:18
标题: 跑双蛋白配体复合物动力学模拟遇到问题
各位老师好，我跑的双蛋白配体复合物的动力学模拟，跑完之后打开md.gro文件出现了图1的情况
问题1：图1这种是周期性边界问题吗？

问题2：这种情况能继续用来RMSD,RMSF等的分析吗？
跑完双蛋白配体复合物的动力学模拟后，输入gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc-o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact进行轨迹周期性矫正，然后分析RMSD得到图2，这种情况像老师说的图3。
问题3：是要把上面命令中的-pbc mol 改成-pbc cluster来进行轨迹周期性矫正再分析RMSD吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-22 20:38
1 是

3 是
引用我博文时要给出出处
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: lmtt 时间: 2025-2-23 09:36

sobereva 发表于 2025-2-22 20:38
1 是

3 是

好的，谢谢老师

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