计算化学公社

标题: mol2格式的限制很尴尬 [打印本页]

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-3-1 12:57
标题: mol2格式的限制很尴尬
在MS中转一下格式发现错误：The mol2 exporter does not support bonds that extend beyond the asymmetric unit.
这就尴尬了，随便的一个计算也会有键跨越box，car+mdf虽然解决了这个问题，但是好像不是很通用，别的软件不认

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-3-1 16:44
偶？楼主好，说一下当时我用MS取坐标的方式。
我记得当时，我选取保存，然后用高斯view打开好像不行。是多了H还是怎么着来，忘了。
然后我是MS保存了，用VESTA中间倒了一下，然后用高斯view就行了。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-3-1 21:03

小范范1989 发表于 2017-3-1 16:44
偶？楼主好，说一下当时我用MS取坐标的方式。
我记得当时，我选取保存，然后用高斯view打开好像不行。是多 ...

你好，请问你的结构有没有盒子，还有就是你中间格式是什么阿，谢谢！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2017-3-1 21:23

dark_cosmos 发表于 2017-3-1 21:03
你好，请问你的结构有没有盒子，还有就是你中间格式是什么阿，谢谢！

没有盒子吧，具体我也不太懂，就是直接保存的。
我是保存成pdb文件，然后通过VESTA保存成mol。然后高斯view打开。我记得。
如果直接MS保存mol或mol2.高斯view可能有点问题，就是我当时遇到的分子多H或者多了很多键。

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-3-1 22:02

小范范1989 发表于 2017-3-1 21:23
没有盒子吧，具体我也不太懂，就是直接保存的。
我是保存成pdb文件，然后通过VESTA保存成mol。然后高斯v ...

mol2格式情况下，什么键都是没有问题的，但是跨越盒子的键有问题

作者
Author: naoki 时间: 2022-7-30 16:52
本帖最后由 naoki 于 2022-7-30 18:10 编辑

确实，我现在也遇到了这个问题。尝试了导出car+mdf然后openbabel转mol2也不能保留跨周期的键。
好像发现了一种可行的方法，更新一下。先用M$导出cif，再把cif导入gaussview，再存成mol2，可以保留键级和跨越周期的键。相较于gaussview来说，openbabel反而做不到这一点。

作者
Author: 关于时间DE 时间: 2023-8-28 22:40

naoki 发表于 2022-7-30 16:52
确实，我现在也遇到了这个问题。尝试了导出car+mdf然后openbabel转mol2也不能保留跨周期的键。
好像发现了 ...

我用这个方法，gview好多键都显示错误。sio2中的si-o单键都变成了双键。

作者
Author: naoki 时间: 2023-8-31 11:06

关于时间DE 发表于 2023-8-28 23:40
我用这个方法，gview好多键都显示错误。sio2中的si-o单键都变成了双键。

首先确保M$中的成键方式是对的，如果还有这情况，可在gview里批量修改目标键

作者
Author: wcoolit 时间: 2023-12-20 15:22

naoki 发表于 2022-7-30 16:52
确实，我现在也遇到了这个问题。尝试了导出car+mdf然后openbabel转mol2也不能保留跨周期的键。
好像发现了 ...

你好，请问一下cif导入gaussview的时候有个计算胞内键的选项，这个要不要算阿

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