计算化学公社

标题: 关于在linux系统上计算Gaussian时出现Error: PGI_TERM invalid value报错。 [打印本页]

作者
Author: 18161509872 时间: 2025-2-23 11:44
标题: 关于在linux系统上计算Gaussian时出现Error: PGI_TERM invalid value报错。
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h]107254[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 9) (, 下载次数 Times of downloads: 10) (, 下载次数 Times of downloads: 9) 出现这样的情况是因为什么啊，之前用Gaussian做了一个opt优化，优化失败了，不过这次使用的时候，程序老是卡在这里，不知道为什么，求大佬帮帮

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-23 12:58
尝试
1 重启机子
2 减少核数到比如20
3 换Gaussian版本
都不行的话改用MOPAC，做大体系半经验优化比Gaussian快得多得多，或者用xtb

当前体系用PM3纯属开玩笑，不仅老掉牙，对色散作用的描述还完全失败，分子内弱相互作用描述得一塌糊涂，pi-pi堆积都让你优化没了（看《谈谈pi-pi相互作用》http://sobereva.com/737里关于计算级别的选择），得到的结构根本别指望能发表。就算只能用G09 D.01，最起码也该用个PM6D3，还算能定性正确。推荐MOPAC在PM6-D3H4X或xtb在GFN2-xTB下做这个优化。

作者
Author: 18161509872 时间: 2025-2-23 13:13

sobereva 发表于 2025-2-23 12:58
尝试
1 重启机子
2 减少核数到比如20

谢谢老师的答复，我尝试过您说的这3个问题，都不太行，换gaussian版本也是之前用的16版，然后也在报错，说是与cpu啥的不兼容，我就又用09版本了，之前用09版本算过。我用gaussian其实是想计算这个分子结构的13C NMR谱，来验证分子的合理性。刚开始使用PM3是想着先用一个比较简单的体系来给他优化一下，然后紧接着继续使用M06-2X/6-31G** 再给他优化来着。我试试您说的这个方法

作者
Author: Tenshi65535 时间: 2025-2-23 19:40
似乎是缺少PGI_TERM环境变量
参照PGI的手册赋一个值试试？
11.3.20. PGI_TERM

作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2025-2-23 20:01
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-2-23 20:30 编辑

18161509872 发表于 2025-2-23 13:13
谢谢老师的答复，我尝试过您说的这3个问题，都不太行，换gaussian版本也是之前用的16版，然后也在报错， ...

好奇一下，这个分子是怎么画出来的，要用来描述什么现实的体系……且不说有没有做过构象搜索，先框出几个奇怪的部分并试图画出对应的键线式：
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黑色框的两处并非有机化学常见结构，但还不是最大的问题。红色框只框出三处是受限于视角，实际上整个分子一共八处，这里问题很大：仔细观察会发现“五个苯环并接”形成的类似Olympicene的C19H11片段（甲基等也看作氢）无法画出纯粹单双键交替的结构，必然带有至少一个未配对的单个电子（图中仅展示自由基的可能共振式之一）；这不仅在有机上稳定性存疑，而且会严重影响计算时整体自旋多重度的设定（因为每个片段都有单电子带来的未抵消的自旋，片段之间自旋未必能完全匹配）和求解时波函数稳定性。

编辑：有关4楼回复，如果运行Gaussian时已按http://sobereva.com/439正确配置环境，把那个g09/bsd/g09.profile给source了，PGI_TERM这个环境变量就会按g09.profile里写的来设置。

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