计算化学公社

标题: 在对非标准氨基酸计算电荷的时候为什么要进行封端？ [打印本页]

作者
Author: 罗文祥 时间: 2025-2-24 20:34
标题: 在对非标准氨基酸计算电荷的时候为什么要进行封端？
本帖最后由罗文祥于 2025-2-24 20:44 编辑

我最近在对非标准氨基酸进行计算电荷，以使得我包含非标准氨基酸的多肽可以在动力学模拟中跑起来。
但我有一个疑惑就是，为什么多数教程在把非标准氨基酸从多肽中裁剪下来之后，计算电荷之前，都需要用甲胺基以及乙酰基对氨基酸的两侧进行封端？
如果我的非标准氨基酸同时它的侧链与其他氨基酸形成二硫键，那么我要不要再对这个硫封上一个甲硫基？而不是一个H原子？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-25 11:32
为了让残基的两端尽可能满足蛋白质中实际的环境（形成肽键），下文也是这么做的
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: 罗文祥 时间: 2025-2-25 13:15
明白了，谢谢sob老师

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