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标题: amber加入氯仿溶剂及碘离子遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-1 21:56
标题: amber加入氯仿溶剂及碘离子遇到的问题
这是我的输入命令：
source leaprc.gaff2
LIA = loadmol2 lian-cor-amber1.mol2
MOL = loadmol2 huan.mol2
loadamberparams lian-cor-amber1.frcmod
loadamberparams huan.frcmod
loadamberparams frcmod.chcl3
loadoff huan.lib
loadoff lian-cor-amber1.lib
source leaprc.water.tip3p
loadoff solvents.lib
COMPLEX=combine{LIA MOL}
addions COMPLEX I- 0
solvatebox COMPLEX CHCL3BOX 40.0 0.8
saveamberparm all all.prmtop all.inpcrd
当加入碘离子时有如下错误
addions COMPLEX I- 0
addIons: Argument #2 is type String must be of type: [unit]

addIons unit ion1 #ion1 [ion2 #ion2]
   UNIT                   _unit_
   UNIT                   _ion1_
   NUMBER                   _#ion1_
   UNIT                   _ion2_
   NUMBER                   _#ion2_
Adds counterions in a shell around _unit_ using a Coulombic potential
on a grid. If _#ion1_ is 0, the _unit_ is neutralized (_ion1_ must be
opposite in charge to _unit_, and _ion2_ cannot be specified). Otherwise,
the specified numbers of _ion1_ [_ion2_] are added [in alternating order].
If solvent is present, it is ignored in the charge and steric calculations,
and if an ion has a steric conflict with a solvent molecule, the ion is
moved to the center of said molecule, and the latter is deleted. (To
avoid this behavior, either solvate _after_ addIons, or use addIons2.)
Ions must be monoatomic. Note that the one-at-a-time procedure is not
guaranteed to globally minimize the electrostatic energy. When neutralizing
regular-backbone nucleic acids, the first cations will generally be added
between phosphates, leaving the final two ions to be placed somewhere around
the middle of the molecule.
The default grid resolution is 1 Angstrom, extending from an inner radius
of (max ion size + max solute atom size) to an outer radius 4 Angstroms
beyond. A distance-dependent dielectric is used for speed.

加氯仿溶剂时又有如下错误solvatebox COMPLEX CHCL3BOX 40.0 0.8
solvateBox: Argument #2 is type String must be of type: [unit]
usage:  solvateBox <solute> <solvent> <buffer> [iso] [closeness]

请教大神帮忙分析一下原因，感激不尽

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-2 06:22
在leap中输入list，可以看到当前都有哪些unit。只有里面存在的项才可以被作为unit引入命令中，否则会认为你输入的只是一个普通的字符串

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-2 09:26

sobereva 发表于 2017-3-2 06:22
在leap中输入list，可以看到当前都有哪些unit。只有里面存在的项才可以被作为unit引入命令中，否则会认为你 ...

那请教大神，如何才能加入一个list中没有的项呢？请您指教，谢谢!

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-2 09:29

DSL 发表于 2017-3-2 09:26
那请教大神，如何才能加入一个list中没有的项呢？请您指教，谢谢!

list里没有，要么你载入的那个东西名字不对，要么你根本没载入那个东西

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-2 09:31

sobereva 发表于 2017-3-2 09:29
list里没有，要么你载入的那个东西名字不对，要么你根本没载入那个东西

我想载入的是碘离子，输入命令为：addions COMPLEX I- 0 难道是I-的名字不对？我再查查，谢谢您的回复！

作者
Author: abdoman 时间: 2017-3-2 09:34
看你的gaff2 应该是amber16
Na+,Cl- 是Na和Cl 离子没错。但是和pdb文件中残基名字不一致。
但是鉴于历史悠久，所以amber16仍然接受。
建议用pdb 标准名称。

因此，如何要加I-离子的话。
addions COMPLEX IOD 0

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-2 09:43

abdoman 发表于 2017-3-2 09:34
看你的gaff2 应该是amber16
Na+,Cl- 是Na和Cl 离子没错。但是和pdb文件中残基名字不一致。
但是鉴于历史 ...

好的，谢谢，我的list中确实有IOD这个选项，我以为不是碘离子，用的确实是amber16,这句话不是很明白：Na+,Cl- 是Na和Cl 离子没错。但是和pdb文件中残基名字不一致。建议用pdb 标准名称。我们难道不是加入离子后才能生成pdb,然后才能看到其残基名?看您的意思是提前已经有了pdb?本人初学，希望您能帮忙解释一下，十分感谢！

作者
Author: abdoman 时间: 2017-3-2 09:47
PDB 文件有专门的格式和命名。amber 现在倾向于直接采用PDB的残基名称。
比如：NA 在PDB 文件中就是Na+。
可以看看PDB 文件格式。

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-2 09:53

abdoman 发表于 2017-3-2 09:47
PDB 文件有专门的格式和命名。amber 现在倾向于直接采用PDB的残基名称。
比如：NA 在PDB 文件中就是Na+。
...

恩，好的，我以前用namd跑动力学，在做pdb的时候残基名都是随意改的，只要两种结构的残基名不冲突即可，难道amber中每个原子的残基名都是固定的？我再认真学习一下，谢谢您的指导

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